Utilizing novel <i>Escherichia coli</i>‐specific conserved signature proteins for enhanced monitoring of recreational water quality
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Escherichia coli serves as a proxy indicator of fecal contamination in aquatic ecosystems. However, its identification using traditional culturing methods can take up to 24 h. The application of DNA markers, such as conserved signature proteins (CSPs) genes (unique to all species/strains of a specific taxon), can form the foundation for novel polymerase chain reaction (PCR) tests that unambiguously identify and detect targeted bacterial taxa of interest. This paper reports the identification of three new highly-conserved CSPs (genes), namely YahL, YdjO, and YjfZ, which are exclusive to E. coli/Shigella. Using PCR primers based on highly conserved regions within these CSPs, we have developed quantitative PCR (qPCR) assays for the evaluation of E. coli/Shigella species in water ecosystems. Both in-silico and experimental PCR testing confirmed the absence of sequence match when tested against other bacteria, thereby confirming 100% specificity of the tested CSPs for E. coli/Shigella. The qPCR assays for each of the three CSPs provided reliable quantification for all tested enterohaemorrhagic and environmental E. coli strains, a requirement for water testing. For recreational water samples, CSP-based quantification showed a high correlation (r > 7, p < 0.01) with conventional viable E. coli enumeration. This indicates that novel CSP-based qPCR assays for E. coli can serve as robust tools for monitoring water ecosystems and other critical areas, including food monitoring.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle