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Notice bibliographique
Résumé
Staphylococcus aureus has been involved in transfusion-transmitted fatalities associated with platelet concentrates (PCs) due to its heightened pathogenicity enhanced by genome-encoded virulence and antibiotic resistance genes. This may be facilitated by mobile genetic elements (MGEs) that can cause rearrangements. Several factors contribute to S. aureus virulence, including the type VII secretion system (T7SS), which is comprised of twelve genes, six of which form the T7SS core and are conserved across S. aureus strains. In this study, we conducted comparative genome analyses of five S. aureus isolates from PCs (CI/BAC/25/13/W, PS/BAC/169/17/W and PS/BAC/317/16/W were detected during PCs screening with the BACT/ALERT automated culture system, and ATR-20003 and CBS2016-05 were missed during screening and caused septic transfusion reactions). Multiple alignments of the genomes revealed evidence of rearrangements involving phage ɸSa3 in PS/BAC/169/17/W and PS/BAC/317/16/W. While the former had undergone translocation of its immune evasion cluster (IEC), the latter had lost part of the phage, leaving behind the IEC. This observation confirms S. aureus genome plasticity. Unexpectedly, strain CBS2016-05 was found to encode a pseudo-T7SS that had lost five of the conserved core genes (esxA, esaA, essA, esaB and essB) and contained a 5’ truncated essC. Since these genes are essential for the function of the T7SS protein transport machinery, which plays a key role in S. aureus virulence, CBS2016-05 probably compensates by recruiting other export mechanisms and/or alternative virulence factors, such as neutralizing immunity proteins. This study unravels genome rearrangements in S. aureus isolated from PCs and reports the first S. aureus isolate lacking conserved T7SS core genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,018 | 0,209 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,002 |
| Communication savante | 0,009 | 0,007 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,009 | 0,008 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,668 | 0,328 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».