Thalidomide derivatives degrade BCL-2 by reprogramming the binding surface of CRBN
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Notice bibliographique
Résumé
Recent studies demonstrate that modified thalidomide chemically alters the binding surface of its binding E3 ligase, CRBN, leading to the degradation of new substrate proteins. In this study, we conduct a proteome-wide analysis of thalidomide-like compounds and pinpoint three derivatives (C5, C6, and C7) that specifically target and degrade the BCL-2 protein. Using AlphaFold-driven molecular modeling combined with experimental data, we suggest that GLY128, ALA131, and THR132 are crucial in forming a CRBN-C5-BCL-2 ternary complex. This interaction is notably distinct from that of venetoclax, a known clinical BCL-2 inhibitor that interacts with the BH3 domain. Significantly, these thalidomide derivatives have the ability to degrade BCL-2 mutations that are resistant to venetoclax, thereby enhancing survival rates in a Notch-depleted Drosophila intestinal tumor model. Our findings highlight the critical role of targeted modifications to the E3 ligase surface in altering its binding affinity and achieving a new substrate protein profile.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle