Redefining and interpreting genomic relationships of metafounders
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Metafounders are a useful concept to characterize relationships within and across populations, and to help genetic evaluations because they help modelling the means and variances of unknown base population animals. Current definitions of metafounder relationships are sensitive to the choice of reference alleles and have not been compared to their counterparts in population genetics—namely, heterozygosities, F ST coefficients, and genetic distances. We redefine the relationships across populations with an arbitrary base of a maximum heterozygosity population in Hardy–Weinberg equilibrium. Then, the relationship between or within populations is a cross-product of the form $${\Gamma }_{\left(b,{b}^{\prime}\right)}=\left(\frac{2}{n}\right)\left(2{\mathbf{p}}_{b}-\mathbf{1}\right)\left(2{\mathbf{p}}_{{b}^{\prime}}-\mathbf{1}\right)^{\prime}$$ <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mi>Γ</mml:mi> <mml:mfenced> <mml:mi>b</mml:mi> <mml:mo>,</mml:mo> <mml:msup> <mml:mrow> <mml:mi>b</mml:mi> </mml:mrow> <mml:mo>′</mml:mo> </mml:msup> </mml:mfenced> </mml:msub> <mml:mo>=</mml:mo> <mml:mfenced> <mml:mfrac> <mml:mn>2</mml:mn> <mml:mi>n</mml:mi> </mml:mfrac> </mml:mfenced> <mml:mfenced> <mml:mn>2</mml:mn> <mml:msub> <mml:mi>p</mml:mi> <mml:mi>b</mml:mi> </mml:msub> <mml:mo>-</mml:mo> <mml:mn>1</mml:mn> </mml:mfenced> <mml:msup> <mml:mfenced> <mml:mn>2</mml:mn> <mml:msub> <mml:mi>p</mml:mi> <mml:msup> <mml:mrow> <mml:mi>b</mml:mi> </mml:mrow> <mml:mo>′</mml:mo> </mml:msup> </mml:msub> <mml:mo>-</mml:mo> <mml:mn>1</mml:mn> </mml:mfenced> <mml:mo>′</mml:mo> </mml:msup> </mml:mrow> </mml:math> with $$\mathbf{p}$$ <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"> <mml:mi>p</mml:mi> </mml:math> being vectors of allele frequencies at $$n$$ <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"> <mml:mi>n</mml:mi> </mml:math> markers in populations $$b$$ <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"> <mml:mi>b</mml:mi> </mml:math> and $$b^{\prime}$$ <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"> <mml:msup> <mml:mi>b</mml:mi> <mml:mo>′</mml:mo> </mml:msup> </mml:math> . This is simply the genomic relationship of two pseudo-individuals whose genotypes are equal to twice the allele frequencies. We also show that this coding is invariant to the choice of reference alleles. In addition, standard population genetics metrics (inbreeding coefficients of various forms; F ST differentiation coefficients; segregation variance; and Nei’s genetic distance) can be obtained from elements of matrix $${\varvec{\Gamma}}$$ <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"> <mml:mrow> <mml:mi>Γ</mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> .
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle