Revealing the evolutionary history and contemporary population structure of Pacific salmon in the Fraser River through genome resequencing
Notice bibliographique
Résumé
The Fraser River once supported massive salmon returns, but now years with half of the recorded historical maximum are considered good. There is substantial interest from surrounding communities, governments, and other groups to increase salmon returns for both human use and for functional ecosystems. To help generate resources for this endeavour, we resequenced hundreds of genomes at moderate coverage (~16x) of Chinook ( Oncorhynchus tshawytscha ), coho ( O. kisutch ), and sockeye salmon ( O. nerka ) from the Fraser River. The resequenced genomes are an important resource that can give us new insights. In this study, we found evidence that Chinook salmon have 1.5-2x more polymorphic loci than coho or sockeye salmon. Using principal component analysis (PCA) and admixture analysis, we also identified genetic groups similar to those previously identified with only a few microsatellite markers. As the higher density data supports these previous genetic groups, it suggests that the identity of these groups is not overly sensitive to the number of genetic markers or when the groups were sampled. With the increased resolution from resequenced genomes, we were able to further identify factors influencing these genetic groups, including isolation-by-distance, migration barriers, recolonization from different glacial refugia, and environmental factors like precipitation. We were also able to identify 20 potentially adaptive loci among the genetic groups by analyzing runs of homozygosity. All of the resequenced genomes have been submitted to a public database where they can be used as a reference for the contemporary genomics of Fraser River salmon.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».