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Enregistrement W4396655800 · doi:10.1101/2024.05.03.592485

Cysteine Rich Intestinal Protein 2 is a copper-responsive regulator of skeletal muscle differentiation

2024· preprint· en· W4396655800 sur OpenAlexfundno aff
Odette Verdejo‐Torres, David C. Klein, Lorena Novoa‐Aponte, Jaime Carrazco-Carrillo, Denzel Bonilla-Pinto, Antonio Rivera, Fa’alataitaua M. Fitisemanu, Martha L. Jiménez-González, L B FLINN, Aidan T. Pezacki, Antonio Lanzirotti, Luís Ortiz-Frade, Christopher J. Chang, Juan G. Navea, Crysten E. Blaby‐Haas, Sarah J. Hainer, Teresita Padilla‐Benavides

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineNursing
ThématiqueTrace Elements in Health
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesChildren's Hospital of PittsburghBasic Energy SciencesWorcester Polytechnic InstituteNational Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin DiseasesCenter for Research Computing, University of PittsburghOffice of ScienceUniversity of PittsburghCanadian Institute for Advanced ResearchArgonne National LaboratoryU.S. Department of EnergyUniversity of ChicagoNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésRegulatorCysteineSkeletal muscleCell biologyChemistryCopperBiochemistryBiologyInternal medicineEndocrinologyMedicineGeneEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Copper (Cu) is an essential trace element required for respiration, neurotransmitter synthesis, oxidative stress response, and transcriptional regulation. Imbalance in Cu homeostasis can lead to several pathological conditions, affecting neuronal, cognitive, and muscular development. Mechanistically, Cu and Cu-binding proteins (Cu-BPs) have an important but underappreciated role in transcription regulation in mammalian cells. In this context, our lab investigates the contributions of novel Cu-BPs in skeletal muscle differentiation using murine primary myoblasts. Through an unbiased synchrotron X-ray fluorescence-mass spectrometry (XRF/MS) metalloproteomic approach, we identified the murine cysteine rich intestinal protein 2 (mCrip2) in a sample that showed enriched Cu signal, which was isolated from differentiating primary myoblasts derived from mouse satellite cells. Immunolocalization analyses showed that mCrip2 is abundant in both nuclear and cytosolic fractions. Thus, we hypothesized that mCrip2 might have differential roles depending on its cellular localization in the skeletal muscle lineage. mCrip2 is a LIM-family protein with 4 conserved Zn 2+ -binding sites. Homology and phylogenetic analyses showed that mammalian Crip2 possesses histidine residues near two of the Zn 2+ -binding sites (CX2C-HX2C) which are potentially implicated in Cu + -binding and competition with Zn 2+ . Biochemical characterization of recombinant human hsCRIP2 revealed a high Cu + -binding affinity for two and four Cu + ions and limited redox potential. Functional characterization using CRISPR/Cas9-mediated deletion of mCrip2 in primary myoblasts did not impact proliferation, but impaired myogenesis by decreasing the expression of differentiation markers, possibly attributed to Cu accumulation. Transcriptome analyses of proliferating and differentiating mCrip2 KO myoblasts showed alterations in mRNA processing, protein translation, ribosome synthesis, and chromatin organization. CUT&RUN analyses showed that mCrip2 associates with a select set of gene promoters, including MyoD1 and metallothioneins , acting as a novel Cu-responsive or Cu-regulating protein. Our work demonstrates novel regulatory functions of mCrip2 that mediate skeletal muscle differentiation, presenting new features of the Cu-network in myoblasts.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,255
Écart entre enseignants0,241 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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