Monitoring and predicting the presence and abundance of juvenile Atlantic salmon in tributaries according to habitat characteristics using environmental <scp>DNA</scp>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Conservation of the Atlantic salmon Salmo salar requires to monitor the spatial distribution and abundance of juveniles at a local scale in tributaries. However, tributaries are rarely accounted for in monitoring programs despite their importance for juvenile life stages. This is mainly because inventories of young salmon populations in tributaries can be technically challenging with traditional methods, as the number of tributaries in a watershed can be important and their access limited compared to the main stem. In this study, we tested the use of environmental DNA (eDNA) to quantify the abundance of juvenile Atlantic salmon in tributaries. We successfully detected eDNA of juvenile Atlantic salmon in 19 tributaries of three main rivers of the Gaspé Peninsula (Québec, Canada) using quantitative real‐time PCR analyses. By comparing the eDNA approach with electrofishing surveys conducted in parallel to water sampling, we found that eDNA concentrations positively correlated with juvenile abundance, total biomass, and body surface area. The use of the allometrically scaled mass (ASM) instead of abundance improved the correlation. Furthermore, we demonstrated that the levels of eDNA molecules detected for juvenile Atlantic salmon were also correlated with water temperature and canopy cover measured in each tributary. Finally, we tested if eDNA concentrations measured in a tributary could be used as a reliable indicator of juvenile abundance or biomass in that tributary. We found that our models slightly better predicted juvenile biomass than juvenile abundance. The use of ASM did not improve model prediction, suggesting that further refinement would be required in the future. Our method will facilitate the implementation of conservation practices appropriate to the ecology of juvenile Atlantic salmon in tributaries.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».