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Enregistrement W4396720348 · doi:10.1101/2024.05.03.592339

Analysis of auxin responses in the fern <i>Ceratopteris richardii</i> identifies tissue ontogeny as a major determinant for response properties

2024· preprint· en· W4396720348 sur OpenAlexaff
Sjoerd Woudenberg, Melissa Dipp-Álvarez, Juriaan Rienstra, V. G. Levitsky, Victoria Mironova, Enrico Scarpella, André Kuhn, Dolf Weijers

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueFern and Epiphyte Biology
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésFernOntogenyAuxinBiologyNeuroscienceBotanyEvolutionary biologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The auxin signalling molecule regulates a range of plant growth and developmental processes. The core transcriptional machinery responsible for auxin-mediated responses is conserved across all land plants. Genetic, physiological and molecular exploration in bryophyte and angiosperm model species have shown both qualitative and quantitative differences in auxin responses. Given the highly divergent ontogeny of the dominant gametophyte (bryophytes) and sporophyte (angiosperms) generations, however, it is unclear whether such differences derive from distinct phylogeny or ontogeny. Here, we address this question by comparing a range of physiological, developmental and molecular responses to auxin in both generations of the model fern Ceratopteris richardii . We find that auxin response in Ceratopteris gametophytes closely resembles that of a thalloid bryophyte, whereas the sporophyte mimics auxin response in flowering plants. This resemblance manifests both at phenotypic and transcriptional level. Furthermore, we show that disrupting auxin transport can lead to ectopic sporophyte induction on the gametophyte, suggesting a role for auxin in the alternation of generations. Our study thus identifies ontogeny, rather than phylogeny, as a major determinant of auxin response properties in land plants. Summary statement Studies in angiosperms and bryophytes have left unresolved the roles of tissue ontogeny and species phylogeny in auxin response. We address that problem by characterizing auxin response in a fern.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,450
Score d'incertitude au seuil0,788

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,221 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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