A curated rotamer library for common post-translational modifications of proteins
Notice bibliographique
Résumé
MOTIVATION: Sidechain rotamer libraries of the common amino acids of a protein are useful for folded protein structure determination and for generating ensembles of intrinsically disordered proteins (IDPs). However, much of protein function is modulated beyond the translated sequence through the introduction of post-translational modifications (PTMs). RESULTS: In this work, we have provided a curated set of side chain rotamers for the most common PTMs derived from the RCSB PDB database, including phosphorylated, methylated, and acetylated sidechains. Our rotamer libraries improve upon existing methods such as SIDEpro, Rosetta, and AlphaFold3 in predicting the experimental structures for PTMs in folded proteins. In addition, we showcase our PTM libraries in full use by generating ensembles with the Monte Carlo Side Chain Entropy (MCSCE) for folded proteins, and combining MCSCE with the Local Disordered Region Sampling algorithms within IDPConformerGenerator for proteins with intrinsically disordered regions. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: The codes for dihedral angle computations and library creation are available at https://github.com/THGLab/ptm_sc.git.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».