Isolation and Identification of Nematode‐Infecting Microsporidia
Notice bibliographique
Résumé
Nematodes are naturally infected by the fungal-related pathogen microsporidia. These ubiquitous eukaryotic parasites are poorly understood, despite infecting most types of animals. Identifying novel species of microsporidia and studying them in an animal model can expedite our understanding of their infection biology and evolution. Nematodes present an excellent avenue for pursuing such work, as they are abundant in the environment and many species are easily culturable in the laboratory. The protocols presented here describe how to isolate bacterivorous nematodes from rotting substrates, screen them for microsporidia infection, and molecularly identify the nematode and microsporidia species. Additionally, we detail how to remove environmental contaminants and generate a spore preparation of microsporidia from infected samples. We also discuss potential pitfalls and provide suggestions on how to mitigate them. These protocols allow for the identification of novel microsporidia species, which can serve as an excellent starting point for genomic analysis, determination of host specificity, and infection characterization. © 2024 The Authors. Current Protocols published by Wiley Periodicals LLC. Basic Protocol 1: Gathering samples Support Protocol 1: Generating 10× and 40× Escherichia coli OP50 and seeding NGM plates Basic Protocol 2: Microsporidia screening, testing for Caenorhabditis elegans susceptibility, and sample freezing Basic Protocol 3: DNA extraction, PCR amplification, and sequencing to identify nematode and microsporidia species Basic Protocol 4: Removal of contaminating microbes and preparation of microsporidia spores Support Protocol 2: Bleach-synchronizing nematodes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,012 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».