Structural basis of 3′-end poly(A) RNA recognition by LARP1
Notice bibliographique
Résumé
3' RNA exonucleases, 3' poly(A) protection, mRNA stabilization La-related proteins (LARPs) comprise a family of RNA-binding proteins involved in a wide range of posttranscriptional regulatory activities [1].The ancestral LARP3 is the long-studied nuclear La protein that specifically binds the oligo(U) 3'ends of nascent RNA polymerase III (Pol III) transcripts and protects these from digestion by 3' exonucleases.LARPs share a unique tandem of two RNA-binding domains, La motif (LaM) and RNA recognition motif (RRM), together referred to as a La-module, but vary in member-specific regions.Prior structural studies of La-modules reveal they are pliable platforms for RNA recognition in diverse contexts [2].Recently, LARP1 and LARP4 were shown to bind and stabilize mRNA 3' poly(A), but the molecular basis of that is unclear [3,4].Here, we characterize the La-module of LARP1, which plays an important role in regulating synthesis of ribosomal proteins in response to mTOR signaling and mRNA stabilization.LARP1 has been well characterized functionally but no structural information exists for its La-module.In the present study, we use a variety of biophysical techniques to investigate the nature of the LARP1 La-module [5].Unexpectedly, we find that unlike other LARPs, the module does not contain a RRM domain.NMR and ITC studies demonstrated the stand-alone LaM domain binds RNA with submicromolar affinity and preference for A-rich sequences.Multiple highresolution crystal structures of LARP1 LaM in complex with poly(A) sequences of different length reveal the molecular basis for specificity for the RNA 3'-end and identify LaM residues Q333, Y336 and F348 as the most critical for RNA binding.Using a quantitative mRNA stabilization assay and poly(A) tail-sequencing, we demonstrate that high affinity binding by the LaM domain is critical for mRNA stabilization by LARP1.The study provides novel insights into poly(A) 3' protection activity by LARP1 via competition with deadenylases for mRNA 3' end. Figure 1.Structure of the LARP1 LaM domain with A3 RNA bound.On the right, representative electron density of the penultimate A(-2) adenine base is contoured at 1σ from RNA 2Fo-Fc omit maps.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».