The RNA-binding activity of the TRIM-NHL protein NHL-2 is essential for miRNA-mediated gene regulation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The conserved TRIM-NHL protein, NHL-2, plays a key role in small RNA pathways in Caenorhabditis elegans. NHL-2 has been shown to interact with U-rich RNA through its NHL domain, but the importance to its biological function is unknown. We defined the crystal structure of the NHL domain to 1.4 Å resolution and identified residues that affect affinity for U-rich RNA. Functional analysis of an NHL-2 RNA-binding loss-of-function mutant demonstrated defects in the heterochronic pathway, suggesting that RNA binding is essential for its role in this miRNA pathway. Processing bodies were enlarged in the NHL-2 RNA-binding mutant, suggesting a defect in mRNA decay. We also identified the eIF4E binding protein IFET-1 as a strong synthetic interactor with NHL-2 and the DEAD box RNA helicase CGH-1 (DDX6), linking NHL-2 function to translation repression. We demonstrated that in the absence of NHL-2, there was an enrichment of miRNA transcripts associated with the miRNA pathway Argonaute proteins ALG-2 and ALG-2. We demonstrate that NHL-2 RNA-binding activity is essential for let-7 family miRNA-mediated translational repression. We conclude that the NHL-2, CGH-1, and IFET-1 regulatory axes work with the core miRISC components to form an effector complex that is required for some, but not all, miRNAs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».