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Enregistrement W4396802903 · doi:10.1101/2024.05.06.592772

Cross-species analyses reveal RORγt-expressing dendritic cells are a lineage of antigen presenting cells conserved across tissues

2024· preprint· en· W4396802903 sur OpenAlexaff
Hamsa Narasimhan, Maria Lucia Richter, Ramin Shakiba, Nikos E. Papaioannou, Christina Stehle, K Rengarajan, Isabel Ulmert, Vanessa Küntzel, Eva-Lena Stange, Alina Ulezko Antonova, Ludger Klein, Diana Dudziak, Marco Colonna, Natalia Torow, Mathias W. Hornef, Katharina Lahl, Chiara Romagnani, Maria Colomé‐Tatché, Barbara U. Schraml

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmune Cell Function and Interaction
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésLineage (genetic)AntigenBiologyCell biologyEvolutionary biologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Conventional dendritic cells (cDCs) are potent antigen presenting cells (APCs) that exhibit tissue and age-specific diversity allowing them to direct situation-adapted immunity. Thereby they harbor great potential for being targeted in vaccination and cancer. Here, we resolve conflicting data about expression of retinoic acid receptor-related orphan receptor-γt (RORψt) in cDCs. We show that RORψt + DCs exist in murine lymphoid and non-lymphoid tissues across age. Fate mapping, functional assays and single cell multiomic profiling reveal these cells as ontogenetically and transcriptionally distinct from other well characterized cDC subtypes, as well as from RORψt + type 3 innate lymphocytes (ILC3s). We show that RORψt + DCs can migrate to lymph nodes and activate naïve CD4 + T cells in response to inflammatory triggers. Comparative and cross-species transcriptomics revealed homologous populations in human spleen, lymph nodes and intestines. Further, integrated meta-analyses aligned RORψt + DCs identified here with other emerging populations of RORψt + APCs, including R-DC-like cells, Janus cells/extrathymic Aire expressing cells (eTACs) and subtypes of Thetis cells. While RORψt + APCs have primarily been linked to T cell tolerance, our work establishes RORψt + DCs as unique lineage of immune sentinel cells conserved across tissues and species that expands the functional repertoire of RORψt + APCs beyond promoting tolerance. One sentence summary RORγt + DC exhibit versatile APC functions and are a distinct immune lineage conserved across age, tissues and species that entails Thetis cells, Janus cells/RORγt + eTACs and R-DC-like cells.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,038
Tête enseignante GPT0,300
Écart entre enseignants0,262 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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