Notice bibliographique
Résumé
Ces dernières années, le traitement des infections bactériennes est devenu problématique : les bactéries ont développé des multi-résistances aux antibiotiques, rendant les traitements parfois inefficaces.L’une des problématiques de l’antibiorésistance est que les gènes de résistance aux antibiotiques (ARGs) peuvent se transmettre horizontalement d’une bactérie à une autre sur des éléments génétiques mobiles. Les bactériophages (dits phages, c’est à dire les virus attaquant spécifiquement les bactéries) en faisant partie, je me suis demandée s’ils présentaient eux aussi un risque de transmission des ARGs. Pour cela, la partie virale (virome) de 14 échantillons de feces de porcs a été étudiée,, et a permis d’établir que la probabilité de trouver un ARG dans un génome de phage actif est environ 1000 fois plus basse que celle d’en trouver dans un génome de bactérie. Sur la base de cette étude d’échantillons fécaux de porcs, il s’avère que les phages ne sont pas des vecteurs importants de transmission des ARGs, contrairement aux plasmides et aux ICEs.Une manière de traiter les infections multi-résistantes est la phagothérapie. La deuxième partie de ma thèse a consisté à relever certains des défis rencontrés par une entreprise de production de phages thérapeutiques. Pour une thérapie phagique optimale, il convient entre autres d’utiliser pour la production des phages thérapeutiques une souche bactérienne dépourvue de prophages, et de caractériser les mutants résistants aux phages qui pourraient émerger lors du traitement. Les prophages de la souche de production Pseudomonas aeruginosa LMG12228 ont été caractérisés, puis inactivés et j’ai montré que la souche finale, appelée LMG3Δ, avait conservé ses performances de production de phages virulents.Dans un second temps, les récepteurs des phages anti-Pseudomonas sélectionnés par l’entreprise ont été recherchés pour anticiper l’évolution vers la résistance des bactéries infectées, et estimer la fréquence des événements. Ceci m’a permis de caractériser pour la première fois le récepteur des deux phages de l’espèce Luz24, composé des exopolysaccharides codés par l’opéron psl.En testant différents milieux de culture de plus en plus proches des conditions d’infection chez l’homme (anaérobiose, croissance lente, milieu pauvre), j’ai aussi mis en évidence que la croissance des phages sélectionnés par l’entreprise était fortement dépendante du milieu.En conclusion, bien que la législation doive encore être précisée, les phages semblent être en bonne voie pour devenir une alternative aux antibiotiques et lutter contre l’antibiorésistance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,004 |
| Communication savante | 0,005 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».