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Enregistrement W4396860737 · doi:10.1080/00268976.2024.2353331

2,4-dichloro-6-(1,4,5-triphenyl-1 <i>H</i> -imidazol-2-yl) phenol: synthesis, DFT analysis, Molecular docking, molecular dynamics, ADMET properties against COVID-19 main protease (Mpro: 6WCF/6Y84/6LU7)

2024· article· en· W4396860737 sur OpenAlexaff
S. Sonadevi, D. Rajaraman, M. Saritha, Peter Solo, L. Athishu Anthony

Notice bibliographique

RevueMolecular Physics · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueSynthesis and biological activity
Établissements canadiensSt. Peter's Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChemistryDocking (animal)Molecular dynamicsPhenolProteaseStereochemistryCombinatorial chemistryComputational chemistryEnzymeOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

New derivatives of 2,4-dichloro-6-(1,4,5-triphenyl-1H-imidazol-2-yl) phenol (DPIP) have been successfully synthesised and characterised using spectral methods such as FT-IR, 1H NMR and 13C NMR. Density functional theory (DFT) approach at B3LYP/6-311 G (d, p) level of theory is used to determine optimised bond parameters and single crystal XRD investigation of related derivatives confirms the structure of DPIP bond parameters. The single crystal XRD measurements and the optimised geometrical parameters produced by the DFT calculation agree well. The FT-IR bands seen in the experiment were attributed to distinct normal modes of the molecule. Frontier molecular orbital computations described the molecule stability, chemical reactivity and charge transfer. Atomic charges determined via Mulliken population analysis on the different DPIP atoms. MEP, which is mapped to the electron density surfaces, has discovered potential reactive sites of the molecule. The reported molecule is used as a potential NLO material since it has a high μβ0 value. Binding affinities were discovered using molecular docking against the COVID-19 major protease (Mpro: 6WCF/6Y84/6LU7). The behaviour of the complex structure formed by the Covid-19 protein under in silico physiological conditions was then confirmed by a 100 ns molecular dynamic simulation which looked at the structure stability over time and revealed a stable conformation and binding pattern in an environment of imidazole derivatives. Furthermore, favourable to moderate anti-viral activity was revealed by an in-silico analysis that anticipated the compound absorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity profiles (ADMET).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,244
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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