UCE-derived mitochondrial phylogeny reveals pervasive mito-nuclear discordances in serotine bats (genus Eptesicus) and complex evolutionary history in Eptesicus (Histiotus)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Studies of evolution and biodiversity require solid understanding of species systematics revealed by molecular phylogeny using multilocus genomic data. Multilocus analyses, nevertheless, remain difficult in non-model taxa due to limited access to samples and molecular resources. To help overcome this limitation, ultra-conserved elements (UCEs) have been developed to generate large nuclear datasets and build more robust species phylogenies. Recently, MitoFinder pipeline was developed to further extract mitochondrial genes from the off-target sequences in UCE libraries to allow mito-nuclear comparison and increase the mitochondrial genomic database. Here we applied MitoFinder to published UCE datasets of serotine bats (genus Eptesicus ) and focused on E. (Histiotus) whose evolutionary history is poorly understood. Our results showed extensive mito-nuclear discordances in the divergence of major clades in Eptesicus and within E. (Histiotus) , indicating potential incomplete lineage sorting and historical mitochondrial introgression within and across subgenera. Moreover, we collected several new samples of E. (Histiotus) , including the first molecular data of the recently described E. (H) diaphanopterus , and combined available published sequences to generate the most taxa-complete mitochondrial phylogeny of E. (Histiotus) bats. Results supported the early divergence of E. (H.) magellanicus and the species status of E. (H.) diaphanopterus . In addition, we found strong evidence of cryptic diversity, with potentially new taxa in Peru, Uruguay, and Brazil, which needs to be evaluated in future studies using complementary data. Our study enriched the sequence database of serotine bats and shed light on the hidden diversity and complex evolutionary history of E. (Histiotus) .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».