A practical, step-by-step, guide to taxonomic comparisons using Procrustes geometric morphometrics and user-friendly software (part B): group comparisons
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
In this second part of the study, using a ‘clean’ dataset without very low precision landmarks and outliers, I describe how to compare mandibular size and shape using Procrustes methods in adult North American marmots. After demonstrating that sex differences are negligible, females and males are pooled together with specimens of unknown sex and species are compared using a battery of tests, that estimate both statistical significance and effect size. The importance of allometric variation and its potential effect on shape differences is also explored. Finally, to provide potential clues on founder effects, I compare the magnitude of variance in mandibular size and shape between the Vancouver Island marmot (VAN) and the hoary marmot, its sister species on the mainland. In almost all main analyses, I explore the sensitivity of results to heterogeneous sample size and small samples using subsamples and randomized selection experiments. For both size and shape, I find a degree of overlap among species variation but, with very few exceptions, mean interspecific differences are well supported in all analyses. Shape, in particular, is an accurate predictor of taxonomic affiliation. Allometry in adults, however, explains a modest amount of within-species shape change. Yet, there is a degree of divergence in allometric trajectories that seems consistent with subgeneric separation. VAN is the most distinctive species for mandibular shape and mandibular morphology suggests a long history of reduced variation in this insular population. Geometric morphometrics (GMM) is a powerful tool to aid taxonomic research. Regardless of the effectiveness of this family of methods and the apparent robustness of results obtained with GMM, however, large samples and careful measurements remain essential for accuracy. Even with excellent data, morphometrics is important, but its findings must be corroborated with an integrative approach that combines multiple lines of evidence to taxonomic assessment. The analytical protocol I suggest is described in detail, with a summary checklist, in the Appendix, not to miss important steps. All the analyses can be replicated using the entire dataset, which is freely available online. Beginners may follow all the steps, whereas more experienced researchers can focus on one specific aspect and read only the relevant chapter. There are limitations, but the protocol is flexible and easy to improve or implement using a programming language such as R.
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Étiquettes directes de modèles (non validées)
Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.
| Bras | Catégories | Devis d'étude | Confiance |
|---|---|---|---|
| gemma | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Méthodes Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Sans objet | low |
| gpt | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Méthodes Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Sans objet | high |
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle