Proteomic Analyses Identify Novel Predictors of Diabetic Kidney Disease in Youth-Onset Type 2 Diabetes
Notice bibliographique
Résumé
Background: Diabetic kidney disease (DKD) develops by young adulthood in up to 50% of people with youth-onset type 2 diabetes (Y-T2D), increasing risk of dialysis and premature death. Understanding mechanisms responsible for early DKD is key to management and prevention; accordingly, we sought to identify multiprotein signatures of DKD in Y-T2D. Methods: We measured 7604 Aptamers in 374 baseline plasma samples from the Treatment Options for type 2 Diabetes in Adolescents and Youth (TODAY) study, using the SomaScan 7K Proteomic (SomaLogic) platform. Urine albumin-to-creatinine ratio (UACR) was assessed annually for up to 15 years. Incident micro- and macroalbuminuria were defined as UACR ≥30 and ≥300 mg/g on ≥2 of 3 measures. We evaluated prediction of micro- and macroalbuminuria in separate Cox regression models adjusted for HbA1c, triglycerides, blood pressure, and estimated insulin sensitivity. Gene set enrichment analysis (GSEA) identified pathways of interest. The false discovery rate was controlled at 5% and we report q-values. Results: Participants were 14±2 years of age, 37% male; 43% developed either micro-or macroalbuminuria. Seven proteins predicted time to microalbuminuria, while 8 proteins predicted time to macroalbuminuria, with 2 proteins in common: nerve epidermal growth factor-like 1 (NELL1) (micro: HR 1.56 per 1 SD [95% CI 1.33, 1.83], q=0.0003; macro: 1.95 [1.44-2.63], q=0.017) and FAM189A2 (micro: 1.58 [1.33, 1.87], q=0.0008; macro: 1.79 [1.36, 2.35], q=0.038). GSEA identified gene sets, including one related to semaphorin interactions, associated with microalbuminuria and macroalbuminuria (Figure).Figure.: Top pathways from Gene Set Enrichment Analysis for microalbuminuria (top) and macroalbuminuria (bottom).Conclusions: Novel proteins, including those interacting with semaphorins, which play an important role in inflammation and cellular repair, predict incident albuminuria in Y-T2D. Funding: NIDDK Support
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».