Potential Regulator of KIM-1 Mediated Autophagy
Notice bibliographique
Résumé
Background: Kidney injury molecule 1 (KIM-1) is a phosphatidylserine receptor expressed on injured proximal tubule epithelial cells (PTECs) during acute kidney injury (AKI). KIM-1 mediates the phagocytic clearance of apoptotic cells by PTECs and targets the engulfed apoptotic corpses to autophagosomes by triggering autophagy. However, the detailed signaling mechanisms are poorly understood. This study aims to uncover KIM-1-interacting proteins that regulate autophagy in PTECs. Methods: KIM-1 immunoprecipitates from human PTECs (HK-2), which endogenously express KIM-1, stimulated with apoptotic cells were separated using SDS-PAGE. The bands of putative KIM-1 interacting proteins were visualized using Coomassie blue staining and analyzed using liquid chromatography with tandem mass spectrometry. Proteins were identified using PEAKS DB proteomics software, which uses de novo sequencing assisted database searching. Protein-protein interactions were confirmed using western blot analysis. Results: The immunoprecipitation of KIM-1 was confirmed by both western blot and mass spectrometry analyses, in which KIM-1 was only present in the anti-KIM-1 group and absent in the IgG control. We identified the phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 4 (PIK3R4) with a PEAKS peptide score of 99.1 (minimum threshold at 26.7) and a sequence coverage of 6%. Western blot analysis showed that PIK3R4 co-immunoprecipitated with KIM-1 in both apoptotic cells-stimulated and unstimulated HK-2 cells. Conclusions: PIK3R4 interacts with KIM-1 constitutively in PTECs. It has previously been implicated in the regulation of autophagy including autophagosome formation and endocytic trafficking but not in PTECs. Further investigation will elucidate whether PIK3R4 is required for KIM-1 mediated autophagy.Figure 1.: Co-immunoprecipitation of KIM-1 and PIK3R4 from HK-2 cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».