Molecular Analysis of Renal Graft Biopsies: Comparing the Edmonton Molecular Microscope with the NanoString Human Organ Transplant Panel
Notice bibliographique
Résumé
Background: The renal transplant biopsy is the diagnostic gold standard and usually evaluated with the continuously expanded and updated Banff classification which is based on on descriptive, empirically-derived criteria and thus lacks precision. High-resolution determination of the graft inflammation by NanoString analysis, which was developed for formalin-fixed paraffin-embedded-derived (FFPE) RNA, should be a sufficient approach for objective molecular diagnosis of renal transplant biopsies and may improve our understanding of graft biology. Methods: We used well-annotated surveillance and indication biopsies from 63 patients whose time-matched second biopsy core had been frozen and analyzed by microarray in the INTERCOM/INTERCOMEX study. After reevaluation according to recent Banff consensus, RNA isolation of the FFPE biopsy was performed and led to sufficient RNA yields in 53 samples which were further processed for NanoString analysis using the nCounter Human Organ Transplant Panel. Results: Morphologically, of the 53 samples analyzed (samples from 2011/12 and 2015), twenty-five patients showed no signs of rejection, twelve had borderline rejection, four showed cellular rejection, seven had humoral rejection, and five presented with combined rejection. Preliminary analysis of gene expression by T-distributed Stochastic Neighbor Embedding (t- SNE), Random Forest and Principal Component Analysis (PCA) showed clear differences between samples with rejection (humoral and cellular) and without rejection. Rejection samples revealed high expression of chemokine ligands compared to rejection-free tissues. A common pattern of samples without rejection and borderline rejection was observed. Our results displayed good correlation with the former molecular microarray-based diagnosis from the INTERCOM/INTERCOMEX study. Conclusions: Molecular diagnostic approach using the NanoString platform may supplement morphological diagnosis of renal grafts especially in unclear cases and thus enhance precision diagnostics with small tissue requirement. Morphological and molecular evaluation in the same biopsy core from FFPE tissue enables direct histologicalmolecular correlation. Additionally, this technology also improves our understanding of pathophysiology in renal and other transplants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».