Correlation of Donor-Derived Cell-Free DNA with Histology and Molecular Diagnoses of Kidney Transplant Biopsies
Notice bibliographique
Résumé
Background: Circulating donor-derived cell free DNA (ddcfDNA;CareDx, Brisbane, USA), a non-invasive test that could detect rejection in kidney transplants, was validated using histologic diagnoses. The interpretation of these findings could be difficult due to variable inter- and intra-observer agreement with regards to histologic diagnoses and evolving classifications overtime. The centralized Molecular Microscope(MMDx; Edmonton, CA) tissue gene expression platform may provide increased precision to traditional histology Methods: In this single-center prospective study of 208 biopsies, we present novel data on calibration of cfDNA using simultaneous assessments of all ‘for-cause' and surveillance biopsies with histology(Hx) and MMDx. AUC curves were calculated using the previously published ddcfDNA cut-offs of < 0.21% to rule-out rejection and >1% to rule-in rejection Results: Of 208 biopsies done at a median of 5.8 months post-transplant, 108(52%) were done for allograft dysfunction; 74(36%) for surveillance (due to DSA) and 26(12%) for post-rejection treatment surveillance. There were significant discrepancies between Hx and MMDx; with MMDx(92; 44%) identifying a higher number of rejection cases vs Hx(79; 38%). While MMDx identified a higher number of antibody-mediated rejection cases(65; 31%) than Hx(43; 21%); the opposite was true for T-cell mediated rejection[TCMR; Hx:27(13%) vs MMDx: 13 (6%)]. AUC Curves for cfDNA concentration and prediction of rejection were more robustly correlated with MMDx(AUC=0.830; p<0.001) than with Hx(AUC=0.75; p<0.001). The median cfDNA levels decreased significantly in responders to rejection treatment(median 0.94 to 0.20; p=0.015) vs non-responders(0.76 to 0.82; p=0.25) Conclusions: In this single-center study, for the first time we describe the calibration of ddcfDNA with simultaneous assessment of kidney transplant biopsy with traditional histology and MMDx. We confirmed and expanded on the data from the DART study where a cut-off≥1% was highly sensitive and specific for ruling-in rejection. We report the correlation of cfDNA with response to rejection therapy. We propose that the combination of tissue gene expression using the molecular microscope and blood-based ddcfDNA may add precision to traditional histology and could change future practice and treatment paradigms
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».