LNDb v4: pulmonary nodule annotation from medical reports
Notice bibliographique
Résumé
Given the high prevalence of lung cancer, an accurate diagnosis is crucial. In the diagnosis process, radiologists play an important role by examining numerous radiology exams to identify different types of nodules. To aid the clinicians' analytical efforts, computer-aided diagnosis can streamline the process of identifying pulmonary nodules. For this purpose, medical reports can serve as valuable sources for automatically retrieving image annotations. Our study focused on converting medical reports into nodule annotations, matching textual information with manually annotated data from the Lung Nodule Database (LNDb)-a comprehensive repository of lung scans and nodule annotations. As a result of this study, we have released a tabular data file containing information from 292 medical reports in the LNDb, along with files detailing nodule characteristics and corresponding matches to the manually annotated data. The objective is to enable further research studies in lung cancer by bridging the gap between existing reports and additional manual annotations that may be collected, thereby fostering discussions about the advantages and disadvantages between these two data types.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,031 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,014 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,040 | 0,029 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».