10P PIK3CA mutation and response to neoadjuvant taselisib and endocrine therapy: A biomarker study of the LORELEI trial
Notice bibliographique
Résumé
Various predictive biomarkers regarding PI3K inhibitors in patients with estrogen receptor-positive breast cancer (BC) have been identified, including oncogenic alterations in PIK3CA, but the main response and resistance pathways are still unknown. Here we explored the transcriptomic landscape and response to the PIK3CA inhibitor taselisib and endocrine therapy in relation to PIK3CA mutations and treatment in the LORELEI trial (NCT02273973). LORELEI enrolled postmenopausal patients with HR-positive/HER2-negative early BC. Neoadjuvant therapy was given for 16 weeks. RNA sequencing (RNAseq) was performed on baseline tumor biopsies. Gene set and cell type enrichment analyses were performed using fgsea and xCell. Intrinsic subtypes by AIMS were calculated. PIK3CA status was assessed using a ISO15189-validated assay. Overall response rate by centrally assessed breast MRI classified tumors as responders (complete or partial response) and non-responders. RNAseq data were generated for 187 patients (56% of the entire population enrolled in the trial). In total, 78% had T2, 67% N0 and 63% grade 2 tumors, and 64% had invasive ductal carcinoma. There were 81 patients with PIK3CA mutant (MT) and 106 patients with PIK3CA wild-type (WT) tumors, with MT tumors enriched in Luminal A subtypes compared to WT tumors (Fisher’s test, p<0.01). We observed an enrichment of the epithelial mesenchymal transition gene set and the hematopoietic stem cell type in MT tumors, while WT tumors were enriched in proliferation and immune related gene sets. Among the 187 tumors, 77 (41%) were classified as responders and 110 (59%) as non-responders. No difference in PIK3CA mutation-associated gene signature was observed between the two groups. Comparing responders and non-responders with MT tumor indicated no statistically significant difference between intrinsic subtypes. Non-responder PIK3CA MT tumors in the taselisib arm showed enrichment of interferon alpha response and natural killer T cells. These preliminary results show relevant differences between PIK3CA MT and WT tumors. Non-responders with PIK3CA MT tumors showed enrichment of immune related signaling in the taselisib arm. Further analyses will be presented.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».