MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4397011101 · doi:10.20944/preprints202405.0996.v1

Identifying Robust Biomarker Panels for Breast Cancer Screening

2024· preprint· en· W4397011101 sur OpenAlexaff
Maria L. Vaida, Kamala K. Arumalla, Pavan Kumar Tatikonda, Bharadwaj Popuri, Rashid Bux, Paramjit S. Tappia, Guoyu Huang, Jean-François Haince, W. Randolph Ford

Notice bibliographique

RevuePreprints.org · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGene expression and cancer classification
Établissements canadiensResearch Manitoba
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiomarkerBreast cancerCancerOncologyMedicineInternal medicineBiologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Breast cancer remains a major public health concern, and early detection can result in more treatment options, which are crucial for improving survival rates. Metabolomics offers the potential to develop blood-based screening and diagnostics tools that are less invasive and more cost-effective. However, the inherent complexity of metabolomic datasets makes identifying the most diagnostically relevant biomarkers a difficult task, with multiple studies demonstrating lim-ited agreement on the specific metabolites and pathways involved. This study aims to identify a set of biomarkers for early diagnosis of breast cancer using metabolomics data. Plasma samples from 185 breast cancer patients and 53 controls (CHTN) were analyzed. We utilized univariate Naïve Bayes, L2-regularized Support Vector Machines, and Principal Component Analysis (PCA), along with feature engineering techniques, to select the most informative features. Multiple ma-chine learning models, including Support Vector Machines, Multidimensional Scaling, Logistic Regression, and Ensemble Learning were utilized for classification. The best-performing feature set comprised 4 biomarkers and 2 demographic variables, achieving an accuracy of 98%, demon-strating the potential for a robust, cost-effective, non-invasive breast cancer screening and diagnostic tool.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,358
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,218
Tête enseignante GPT0,397
Écart entre enseignants0,179 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuePreprints.orgMême sujetGene expression and cancer classificationTravaux en français237 207