Integrated proteomic and genomic analysis to identify predictive biomarkers for valproate response in bipolar disorder: a 6-month follow-up study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Several genetic studies have been undertaken to elucidate the intricate interplay between genetics and drug responses in bipolar disorder (BD). However, there has been notably limited research on biomarkers specifically linked to valproate, with only a few studies investigating integrated proteomic and genomic factors in response to valproate treatment. Therefore, this study aimed to identify biological markers for the therapeutic response to valproate treatment in BD. Patients with BD in remission were assessed only at baseline, whereas those experiencing acute mood episodes were evaluated at three points (baseline, 8 ± 2 weeks, and 6 ± 1 months). The response to valproate treatment was measured using the Alda scale, with individuals scoring an Alda A score ≥ 5 categorized into the acute-valproate responder (acute-VPAR) group. We analyzed 158 peptides (92 proteins) from peripheral blood samples using multiple reaction monitoring mass spectrometry, and proteomic result-guided candidate gene association analyses, with 1,627 single nucleotide variants (SNVs), were performed using the Korean chip. RESULTS: The markers of 37 peptides (27 protein) showed temporal upregulation, indicating possible association with response to valproate treatment. A total of 58 SNVs in 22 genes and 37 SNVs in 16 genes showed nominally significant associations with the Alda A continuous score and the acute-VPAR group, respectively. No SNVs reached the genome-wide significance threshold; however, three SNVs (rs115788299, rs11563197, and rs117669164) in the secreted phosphoprotein 2 gene reached a gene-based false discovery rate-corrected significance threshold with response to valproate treatment. Significant markers were associated with the pathophysiological processes of bipolar disorders, including the immune response, acute phase reaction, and coagulation cascade. These results suggest that valproate effectively suppresses mechanisms associated with disease progression. CONCLUSIONS: The markers identified in this study could be valuable indicators of the underlying mechanisms associated with response to valproate treatment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».