Utility of a Renal Genetics Clinic: A Canadian Prospective Cohort
Notice bibliographique
Résumé
Background: Genetic kidney disease (GKD) is more prevalent than previously considered, with 1 in 10 chronic kidney disease (CKD) patients affected. When correct inclusion criteria for GKD is used, 34-67% of patients can have a genetic diagnosis. Genomic testing using gene-panel or exome sequencing (ES) can confirm GKD through detection of mutations in genes known to cause CKD. Unfortunately, widespread integration into clinical practice has been hampered by small studies and highly selective populations predominately performed in research rather than clinical settings. This study aims to prospectively demonstrate the utility of a renal genetics clinic in a Canadian cohort. Methods: We analyzed data from a cohort of patients (n=174 families, n=209 affected patients) referred to a renal genetic clinic between September 2019 and April 2023. Testing strategy was firstly to perform gene-panel testing, and if negative or unsuitable, ES was performed. Testing was performed for the detection of mutations in genes suspected to cause the specific subtype of CKD. Mutations are classified according to the American College of Medical Genetics guidelines, with pathogenic and likely pathogenic variants being causative. Results: We identified a causative mutation in a gene known to cause CKD in 38% of patients (n=80/209). Gene panel testing, performed as the first line of investigation, detected the underlying molecular cause of CKD in 31% of patients tested (n=44/142). Primary ES was performed as the first test in patients with CKD of unknown etiology (CKDu) and had a solve rate of 18% (n=8/45). In patients whom gene-panel was negative or not possible (n=82), secondary ES analysis was performed and confirmed the suspected clinical diagnosis in 26% of patients (n=21/82). For solved patients (n=80), there were many clincial outcomes, including change of diagnosis. Of note, 48% of solved patients had a pre-priori diagnosis of CKDu, but all receied a diagnosis after testing. Other important clinical outcomes include, avail of genetic counselling, resolved diagnostic confusion, and correction of diagnosis. Conclusions: We show that in a Canadian cohort of adults referred to a renal genetic clinic, genomic testing has utility by confirming the cause of genetic kidney disease in 38% of patients. Genetic sequencing also has significant impacts on clinical management and patient outcomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,006 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».