Genetic Determinants of Lupus Nephritis and Kidney Function in Systemic Lupus Erythematosus
Notice bibliographique
Résumé
Background: Lupus nephritis (LN) is one of the most common and severe manifestations of SLE. We completed an LN genome wide association study (GWAS) in a multi-ethnic cohort of children and adults with SLE. Methods: We included SLE patients from dedicated Lupus clinics and the SLICC cohort. All patients met ACR and/or SLICC SLE classification criteria and were genotyped on a multi-ethnic Illumina array. LN was defined by SLE criteria. Kidney function (eGFR) was estimated using the Schwartz Bedside formula for measures <18 years and CKD-EPI (without ancestry) for >18 years of age, collected longitudinally over time. Wilcoxon rank sum or Chi-square test were used for significance between LN and Non-LN patients. We completed GWAS of LN in marginal and multivariable adjusted regression models with principal components for ancestry, sex and cohort site. Results: We included 2981 patients with SLE, 88% female, 46% of European ancestry, 27% childhood-onset SLE. LN was present in 45%. People at time of LN diagnosis were younger and more likely of African American or East Asian ancestry. People with LN had significantly lower within-person mean eGFR, greater eGFR variability and slope over time compared to those without LN (Table). GWAS of LN demonstrated a peak on chromosome 8, yet did not reach a genome-wide significance (p < 5x10-8). Conclusions: Our GWAS did not identify a significant locus for LN. We plan to repeat GWAS of repeated eGFR measures, as it is a more informative outcome that may improve power for detecting genetic loci for LN. Funding: Government Support - Non-U.S. Characteristics of LN and Non-LN patients - Patient Characteristics All SLE Patients (n=2981) LN SLE Patients (n=1351) Non-LN SLE Patients (n=1630) P-value Sex, Female 2628 (88.2) 1138 (84.2) 1490 (91.4) 1.6e-09 Age at SLE diagnosis (years) 25.6 [16.4, 37.8] 22.6 [15.7, 33.0] 28.3 [17.3, 41.3] 2.2e-16 cSLE diagnosis 814 (27.3) 484 (35.8) 440 (27.0) 2.1e-07 Inferred Ancestry European East Asian African American South Asian Admixed 1367 (45.9) 459 (15.4) 555 (18.6) 151 (5.1) 131 (4.4) 317 (10.6) 493 (36.5) 252 (18.6) 316 (23.3) 80 (5.9) 68 (5.0) 141 (10.4) 874 (53.6) 207 (12.7) 239 (14.7) 71 (4.4) 63 (3.9) 176 (10.8) 2.2e-16 Hypertension* 1017 (37.1) 659 (52.6) 358 (23.8) 2.2e-16 Kidney failure (chronic dialysis or transplant)* 25 (0.9) 25 (2.0) 0 (0.0) 3.0e-08 Time from diagnosis to 1st eGFR (years)* Time from 1st eGFR measurement to last (years)* 0.6 [0.06, 3.4] 8.9 [4.1, 14.8] 0.6 [0.08, 3.8] 10.0 [5.1, 16.1] 0.5 [0.04, 3.0] 7.8 [3.4, 13.7] 3.3e-01 4.4e-13 Within-Person No. eGFR Measures* 16 [8, 35] 21 [10, 45] 13 [6, 29] 2.2e-16 Within-Person mean* Within-Person eGFR Variance* eGFR slope ml/min/1.73m2/y* 100.8 [86.0, 113.1] 106.6 [51.4, 198.7] -0.53 [-2.00, 0.48] 100.2 [81.3, 113.4] 137.2 [69.6, 268.6] -0.67 [-2.26, 0.36] 101.2 [88.6, 112.7] 87.2 [43.1, 156.4] -0.53 [-1.83, 0.67] 7.7e-02 2.2e-16 2.3e-02 * data available for N= 2740
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».