An Updated Analysis of the Irish Kidney Gene Project Registry
Notice bibliographique
Résumé
Background: Over 700 genes have been implicated in monogenic nephropathies (MN), a significant cause of chronic kidney disease (CKD), but their prevalence is often underestimated. Diagnosing MN can personalize clinical management with better-informed choices of therapies and targeted disease surveillance and influence prognosis and genetic counseling for patients and their families. Herein, we provide an update on the diagnostic yield of various technologies (exome sequencing, targeted gene panel, and MUC-1 sequencing) and immunostaining utilized by the Irish Kidney Gene Project (IKGP). Methods: All results from the multidisciplinary genetic kidney clinic between January 2014 and March 2023 were analyzed in this prospective cohort study. All clinic visit records were analyzed for clinical and genetic factors associated with solved cases. Using the guidelines of the American College of Medical Genetics and Genomics, pathogenic or likely pathogenic variants were evaluated as disease-causing. Results: Through the IKGP, 593 families (976 individuals) had been sequenced, of which 49.4% (482/976) were female. At the last follow-up, 58.5% of patients, with an average age of 42.3 ± 16.5 years, had reached end-stage kidney disease. We were able to demonstrate a likely-pathogenic/pathogenic variant in 47.4% (281/593) of families, encompassing 52 distinct monogenic entities. Three phenotypes accounted for up to 82% of positive results in genes related to autosomal dominant polycystic kidney disease (PKD1 (number for families (n)=155), PKD2 (n=23), IFT140 (n=4)), autosomal dominant tubulointerstitial kidney disease (UMOD (n=8), MUC1 (n=10), HNF1B (n=2), and DNAJB11 (n=1)), and COL4A-related phenotypes (COL4A5 (n=20), monoallelic COL4A4 (n=1), COL4A3 (monoallelic n=5; biallelic n=3)). Disease-causing variants identified in the remaining 42 genes comprised 17.4% of the solved families. In 31.1% (n=24) of the 77 families referred with a priori diagnosis of CKD of undetermined cause were found to have a known monogenic cause. Conclusions: The use of broad genomic strategies had a high success rate, especially in the presence of family history.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,008 | 0,012 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».