Genetic Determinants of Ultrafiltration With Peritoneal Dialysis
Notice bibliographique
Résumé
Background: The inter-individual variability in the peritoneal dialysis (PD) ultrafiltration (UF) capacity is largely unexplained by demographic and clinical variables. We tested the hypothesis that common genetic variants are associated with variability in UF. Methods: The Bio-PD study enrolled participants from 69 centers in 6 countries. The phenotype of UF volume at 4 hours was obtained from the 1st peritoneal equilibration test (PET) when starting PD. Genotyping was done with the Illumina InfiniumOmni2-5 array and imputed using the Michigan Imputation Server. Heritability was estimated using genomic-restricted maximum likelihood analysis, genome-wide association was performed for single nucleotide variants (SNVs) with minor allele frequency >2%, and gene-wise analyses were done with the Generalized Berk-Jones test. Analyses were adjusted for sex, age, body mass index, country, diabetes, dialysate dextrose concentration, interval between PD start and PET, and principal components of ancestry. Additional analyses included 4-h Dialysate/Plasma (D/P) creatinine ratio as covariate. Results: Analysis included 2413 participants (64% men, 32% diabetes, 82% White). The PETs were done at a median of 63 days (IQR 36-121) from PD start, 78% were completed with 2.5% dextrose, with a mean 4-h D/P creatinine of 0.70 and a median UF of 250mL (IQR 0-494). The heritability of UF was estimated at 58% and 42% in models without and with 4-h D/P creatinine, respectively (p=6x10-4 and 0.01). No SNV reached genome-wide significance using 7,052,235 SNVs. Analyses testing association with 18,330 genes showed significant association of 3 genes at a false discovery rate (FDR) <10% (PTGES FDR=0.02, GPHN FDR=0.04, SLC24A3 FDR=0.05). Further adjustment for 4-h D/P creatinine showed association with 2 genes remained significant (PTGES and SLC24A3). Conclusions: Common genetic variants account for a substantial proportion of the variability in UF and these analyses suggest a potential association with variation in PTGES and SLC24A3 genes. Funding: NIDDK Support, Government Support - Non-U.S.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».