Utilizing a Patient-Specific iPSC Platform for the Study of Rare Genetic Kidney and Vascular Diseases
Notice bibliographique
Résumé
Background: The increasing use of induced pluripotent stem cells (iPSCs) to model human genetic diseases in vitro has allowed researchers to better understand the pathology of countless disorders, and subsequently develop better treatments for patients. Currently in our lab we use blood-outgrowth endothelial cells (BOECs) to study endothelial cell (EC) dysfunction in kidney diseases and thrombotic microangiopathies. However, isolating patient BOECs is often challenging, as it requires a significant sample of fresh blood which is not always readily available. As such, we are working to utilize a platform that uses patient skin fibroblasts to create patient-specific iPSCs, that can then be differentiated into ECs which capture the genetic conditions of patients. Methods: Patient skin fibroblast-derived iPSCs and healthy control iPSCs were created using a commercially available Sendai virus CytoTune-iPS 2.0 reprogramming kit (Thermo Fisher). These iPSCs were then differentiated into ECs using a directed differentiation protocol in factor-defined media. Following differentiation, CD31 (PECAM1) positive cells were sorted using fluorescence-activated cell sorting (FACS), to isolate a pure population. Isolated ECs were then characterized using immunofluorescence (IF) staining for CD31 and VE-Cadherin, as well as a tubule formation assay. Results: We were able to successfully create the iPSCs and differentiate them into ECs that express the appropriate markers (CD31 and VE-Cadherin) and are able to successfully form robust capillary-like tubes over a 48 hour period. Conclusions: Our iPSC differentiation protocol provides a verified and valuable tool for the study of genetic kidney disorders involving endothelial cells when BOEC isolation is not possible. Funding: Government Support - Non-U.S.Figure 1.: (A) Patient iPSC ECs sorted for CD31 using FACS express CD31 and VE-Cadherin (20x). (B) Patient iPSC ECs form robust capillary-like tubes over 48 hours (4x).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».