SHROOM3 Expression and CKD: A Mendelian Randomization Analysis
Notice bibliographique
Résumé
Background: Genome-wide association studies (GWAS) identified common genetic variants within 100 kilobases of the transcription start site of SHROOM3 individually associated with chronic kidney disease (CKD), estimated glomerular filtration rate (eGFR), and urinary albumin-to-creatinine ratio (uACR). This upstream region contains regulatory elements, and the location of these variants suggests that altered SHROOM3 expression could be the mechanism underlying the observed associations. We sought to evaluate if a genetically predicted decrease in SHROOM3 expression was associated with an increased risk of CKD. Methods: First, we found genetic variants associated with SHROOM3 expression, known as expression quantitative trait loci (eQTL), by conducting a meta-analysis of 7408 genetic variants from 51 tissue datasets from the public Human Kidney eQTL Atlas, GTEx, and NephQTL resources. Independent eQTL variants were then selected to be used in a two-sample Mendelian randomization analysis. Using European ancestry summary-level GWAS results from the CKDGen Consortium, UK Biobank, and the Finnish Genetics Consortium, we compared the effect of each variant on SHROOM3 expression to its effect on risk of CKD (n = 480,698), baseline cross-sectional eGFR (n = 1,201,929), previously defined decline in eGFR phenotypes “Rapid3” or “CKDi25” (n = 141,964), and uACR (n = 547,361). Results: We identified 50 independent genetic variants associated with SHROOM3 expression (P < 0.05, r2 < 0.01). These variants cumulatively explained 2% of the variability in SHROOM3 expression. A 34% reduction in genetically predicted SHROOM3 expression was associated with a 0.3% (95% CI: 0.1% - 0.5%) reduction in cross-sectional eGFR (P = 0.002). There was no association between genetically predicted SHROOM3 expression and CKD, longitudinal rapid decline in eGFR, or uACR (P > 0.05). Conclusions: Mendelian randomization analysis suggests a small reduction in genetically predicted SHROOM3 expression throughout life is associated with a slightly lower baseline eGFR. In a seeming contradiction, we did not find that lower genetically predicted SHROOM3 expression was associated with the presence of CKD, rapid decline in eGFR, nor uACR. These results are consistent with recent reports that genetic association with cross-sectional eGFR, maximum attained eGFR, longitudinal decline in eGFR, and risk of CKD may differ. Funding: Private Foundation Support
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,051 | 0,054 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,005 | 0,015 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».