Testing for extragenital Neisseria gonorrhoeae and Chlamydia trachomatis: At-home pharyngeal and rectal self-swabs are non-inferior to those completed in healthcare settings
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: The rates of gonorrhea and chlamydia have been increasing in the years preceding the COVID19 pandemic. Because most gonorrhea and chlamydia infections are located in the oropharynx and rectum for men who have sex with men (MSM), and because at-home self-collected swabs for these infections are not licensed by Health Canada or the United States Food and Drug Administration, decreased accessed to in-person care during and since the COVID19 pandemic potentially means missed case findings. OBJECTIVES: To evaluate the performance of at-home self-collected pharyngeal and rectal swabs for gonorrhea and chlamydia nucleic acid amplification testing. METHODOLOGY: All persons who contacted our Sexual Health Clinic and who had a clinical indication to complete oral and/or rectal swabs for gonorrhea and chlamydia were invited to complete at-home swabs in advance of their scheduled appointments. We mailed swabs and instructions to those who consented. Participants brought these swabs to their scheduled in clinic appointments, where we repeated the same swabs. All matching swabs were sent to the laboratory for analysis to determine concordance. RESULTS: From September 8, 2022 to July 18, 2023, we enrolled 296 eligible participants who provided 1184 swabs. For analysis, cancelled specimens and specimens with invalid results were excluded, leaving 1032 swabs for comparison. We identified 66 STI diagnoses in 47 unique participants. Overall accuracy was high (exceeding 99%), except for rectal chlamydia, which was 96.0%. While the performance of self-swabs for chlamydia was lower compared to gonorrhea, at-home swabs identified six chlamydia infections that were missed by in-clinic collected swabs (two pharyngeal, four rectal). Removing these six cases as "false positives" increased overall accuracy for chlamydia detection to 99.7% (pharyngeal) and 97.8% (rectal). CONCLUSION: Self-collected at-home swabs had good performance acceptable for gonorrhea and chlamydia nucleic acid amplification testing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».