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Enregistrement W4398147559 · doi:10.1016/j.ajhg.2024.04.019

Etiological involvement of KCND1 variants in an X-linked neurodevelopmental disorder with variable expressivity

2024· article· en· W4398147559 sur OpenAlexafffund
Tassja Kalm, Claudia Schob, Hanna Völler, Thatjana Gardeitchik, Christian Gilissen, Rolph Pfundt, Chiara Klöckner, Konrad Platzer, Annick Klabunde-Cherwon, Markus Ries, Steffen Syrbe, Francesca Beccaria, Francesca Madia, Marcello Scala, Federico Zara, Floris C. Hofstede, Marleen Simon, Richard H. van Jaarsveld, Renske Oegema, Koen L.I. van Gassen, Sjoerd J.B. Holwerda, Tahsin Stefan Barakat, Arjan Bouman, Marjon van Slegtenhorst, Sara Álvarez, Alberto Fernández‐Jaén, Javier Porta, Andrea Accogli, Margherita Maria Mancardi, Pasquale Striano, Michele Iacomino, Jong‐Hee Chae, SeSong Jang, Soo Y. Kim, David Chitayat, Saadet Mercimek‐Andrews, Christel Depienne, Antje Kampmeier, Alma Kuechler, Harald Surowy, Enrico Bertini, Francesca Clementina Radio, Cecilia Mancini, Simone Pizzi, Marco Tartaglia, Lucas W. Gauthier, David Geneviève, Mylène Tharreau, Noy Azoulay, Gal Zaks‐Hoffer, N Gil'ad, Naama Orenstein, Geneviève Bernard, Isabelle Thiffault, Jonas Denecke, Theresia Herget, Fanny Kortüm, Christian Kubisch, Robert Bähring, Stefan Kindler

Notice bibliographique

RevueThe American Journal of Human Genetics · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensUniversity of Alberta HospitalUniversity of AlbertaMount Sinai HospitalMcGill UniversityMcGill University Health CentreSickKids FoundationUniversity of TorontoMontreal Children's Hospital
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchAssociazione Italiana di Tecnologia MeccanicaNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekErasmus Medisch CentrumZonMwErasmus MC VriendenfondsFonds de Recherche du Québec - SantéMinistero della SaluteDeutsche Forschungsgemeinschaft
Mots-clésMissense mutationGeneticsNeurodevelopmental disorderBiologyPhenotypeExome sequencingGeneAlleleEpilepsyNeuroscience

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Utilizing trio whole-exome sequencing and a gene matching approach, we identified a cohort of 18 male individuals from 17 families with hemizygous variants in KCND1, including two de novo missense variants, three maternally inherited protein-truncating variants, and 12 maternally inherited missense variants. Affected subjects present with a neurodevelopmental disorder characterized by diverse neurological abnormalities, mostly delays in different developmental domains, but also distinct neuropsychiatric signs and epilepsy. Heterozygous carrier mothers are clinically unaffected. KCND1 encodes the α-subunit of Kv4.1 voltage-gated potassium channels. All variant-associated amino acid substitutions affect either the cytoplasmic N- or C-terminus of the channel protein except for two occurring in transmembrane segments 1 and 4. Kv4.1 channels were functionally characterized in the absence and presence of auxiliary β subunits. Variant-specific alterations of biophysical channel properties were diverse and varied in magnitude. Genetic data analysis in combination with our functional assessment shows that Kv4.1 channel dysfunction is involved in the pathogenesis of an X-linked neurodevelopmental disorder frequently associated with a variable neuropsychiatric clinical phenotype.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,262
Écart entre enseignants0,249 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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