Susceptibility of apple cultivars to watercore disorder is associated with expression of bidirectional sugar transporter gene MdSWEET12a
Notice bibliographique
Résumé
Watercore is a physiological disorder that presents as water-soaked tissue in mature apple fruits, and is occasionally accompanied by flesh browning or tissue breakdown during storage. Excessive accumulation of sorbitol in the intercellular space caused by a defect in sugar transport is considered to induce watercore. In this study, we performed GWAS for watercore using 2,739 individuals, identified a major QTL on chromosome 14, and found that the allele derived from ‘Delicious’ increases watercore susceptibility. Through RNA-seq analysis, we screened all 775 genes located in linkage disequilibrium blocks that included the QTL and identified 11 genes with significantly different expression between watercore-susceptible cultivars that carry the effective allele (‘Fuji’ and ‘Haruka’) and resistant ones that do not (‘Ralls Janet’ and ‘Shinano Gold’). Among the 11 genes, only MdSWEET12a (MD14G1151300) was differentially expressed between other sets of susceptible (‘Fuji’ and ‘Kotaro’) and resistant (‘Golden Delicious’ and ‘Aori 27’) cultivars, with a pattern of upregulated expression over the season consistent with the pattern of watercore occurrence. MdSWEET12a is a sugar transporter responsible for sugar efflux from the cell, which might transport sugars from the phloem to the intercellular space, resulting in the accumulation of sorbitol and occurrence of watercore. A DNA marker for MdSWEET12a was developed for the prediction of watercore-susceptible individuals.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».