Lipidomics and colistin resistance in non-human isolates of <i>Acinetobacter seifertii</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Acinetobacter baumannii is most well known for its role as a human pathogen and as a member of the Acinetobacter calcoaceticus-baumannii (ACB) complex. However, lesser characterised members of the ACB complex, have also been implicated in hospital-acquired infections. Once mainly considered opportunistic pathogens, many A. baumannii and non- baumannii strains are being isolated from agricultural, water and food sources. The surveillance and tracking of Acinetobacter spp. have been recently suggested to be part of the One Health consortium, to understand and prevent the spread of antimicrobial resistance. Here, we isolated four Acinetobacter strains from tank milk in Bogor, Indonesia and using ANI and dDDH techniques have identified them as Acinetobacter seifertii . MLST methods assigned these A. seifertii strains to a novel Sequence Types (ST), highlighting the diversity not only within the ACB complex but also in non-human Acinetobacter spp. These four A. seifertii strains are colistin-resistant and while they do not harbour any known mechanism of colistin resistance, they do share amino acid substitutions in regulatory proteins, AdeS, PmrAB, H-NS, and the membrane associated proteins, LpxACD, MlaD, PldA, LpsB and EptA that may contribute to this phenotype. Furthermore, down-regulation of the RND efflux pump AdeAB, may also be a key factor in colistin resistance in these non-human A. seifertii strains. Lipidomics revealed an acyl-homoserine lactone (AHL) molecule, and lyso-phosphatidylethanolamine (lyso-PE) in significant abundance compared to colistin-sensitive A. baumannii ATCC17978 revealing lipidomic differences between species. Finally, these four tank milk A. seifertii strains are avirulent in an insect model of virulence. It is possible that A. seifertii strains are intrinsically resistant to colistin and require further study. By investigating these less understood Acinetobacter spp. from non-human sources, our study supports the One Health approach to combatting antibiotic resistance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».