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Enregistrement W4398250625 · doi:10.1073/pnas.2317264121

Foraging mechanisms in excavate flagellates shed light on the functional ecology of early eukaryotes

2024· article· en· W4398250625 sur OpenAlexaff
Sei Suzuki‐Tellier, Federica Miano, Seyed Saeed Asadzadeh, Alastair G. B. Simpson, Thomas Kiørboe

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtist diversity and phylogeny
Établissements canadiensDalhousie University
Organismes subventionnairesEuropean CommissionCarlsbergfondetVillum FondenSimons Foundation
Mots-clésForagingEcologyBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The phagotrophic flagellates described as "typical excavates" have been hypothesized to be morphologically similar to the Last Eukaryotic Common Ancestor and understanding the functional ecology of excavates may therefore help shed light on the ecology of these early eukaryotes. Typical excavates are characterized by a posterior flagellum equipped with a vane that beats in a ventral groove. Here, we combined flow visualization and observations of prey capture in representatives of the three clades of excavates with computational fluid dynamic modeling, to understand the functional significance of this cell architecture. We record substantial differences amongst species in the orientation of the vane and the beat plane of the posterior flagellum. Clearance rate magnitudes estimated from flow visualization and modeling are both like that of other similarly sized flagellates. The interaction between a vaned flagellum beating in a confinement is modeled to produce a very efficient feeding current at low energy costs, irrespective of the beat plane and vane orientation and of all other morphological variations. Given this predicted uniformity of function, we suggest that the foraging systems of typical excavates studied here may be good proxies to understand those potentially used by our distant ancestors more than 1 billion years ago.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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