Validity of luminometry and bacteriological tests for diagnosing intramammary infection at dry-off in dairy cows
Notice bibliographique
Résumé
The objective of this cross-sectional study was to estimate the validity of laboratory culture, Petrifilm and Tri-Plate on-farm culture systems, as well as luminometry to correctly identify IMI at dry-off in dairy cows, considering all tests to be imperfect. From September 2020 until December 2021, we collected composite milk samples from cows before dry-off and divided them into 4 aliquots for luminometry, Petrifilm (aerobic count), Tri-Plate, and laboratory culture tests. We assessed multiple thresholds of relative light units (RLU) for luminometry, and we used thresholds of ≥100 cfu/mL for the laboratory culture, ≥50 cfu/mL for Petrifilm, and ≥1 cfu for Tri-Plate tests. We fitted Bayesian latent class analysis models to estimate the sensitivity (Se) and specificity (Sp) for each test to identify IMI, with 95% credibility interval (BCI). Using different prevalence measures (0.30, 0.50, and 0.70), we calculated the predictive values (PV) and misclassification cost terms (MCT) at different false negative-to-false-positive ratios (FN:FP). A total of 333 cows were enrolled in the study from one commercial Holstein herd. The validity of the luminometry was poor for all thresholds, with an Se of 0.51 (95% BCI = 0.43-0.59) and Sp of 0.38 (95% BCI = 0.26-0.50) when using a threshold of ≥150 RLU. The laboratory culture had an Se of 0.93 (95% BCI = 0.85-0.98) and Sp of 0.69 (95% BCI = 0.49-0.89); the Petrifilm had an Se of 0.91 (95% BCI = 0.80-0.98) and Sp of 0.71 (95% BCI = 0.51-0.90); and the Tri-Plate had an Se of 0.65 (95% BCI = 0.53-0.82) and Sp of 0.85 (95% BCI = 0.66-0.97). Bacteriological tests had good PV, with comparable positive PV for all 3 tests, but lower negative PV for the Tri-Plate compared with the laboratory culture and the Petrifilm. For a prevalence of IMI of 0.30, all 3 tests had similar MCT, but for prevalence of 0.50 and 0.70, the Tri-Plate had higher MCT in scenarios where leaving a cow with IMI untreated is considered to have greater detrimental effects than treating a healthy cow (i.e., FN:FP of 3:1). Our results showed that the bacteriological tests have adequate validity to diagnose IMI at dry-off, but luminometry does not. We concluded that although luminometry is not useful to identify IMI at dry-off, the Petrifilm and Tri-Plate tests performed similarly to laboratory culture, depending on the prevalence and importance of the FP and FN results.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,012 | 0,033 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».