Landscape of <i>TPMT</i> and <i>NUDT15</i> Pharmacogenetic Variation in a Cohort of Canadian Pediatric Inflammatory Bowel Disease Patients
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Patients with inflammatory bowel disease (IBD) exhibit considerable interindividual variability in medication response, highlighting the need for precision medicine approaches to optimize and tailor treatment. Pharmacogenetics (PGx) offers the ability to individualize dosing by examining genetic factors underlying the metabolism of medications such as thiopurines. Pharmacogenetic testing can identify individuals who may be at risk for thiopurine dose-dependent adverse reactions including myelosuppression. We aimed to evaluate PGx variation in genes supported by clinical guidelines that inform dosing of thiopurines and characterize differences in the distribution of actionable PGx variation among diverse ancestral groups. METHODS: Pharmacogenetic variation in TPMT and NUDT15 was captured by genome-wide genotyping of 1083 pediatric IBD patients from a diverse Canadian cohort. Genetic ancestry was inferred using principal component analysis. The proportion of PGx variation and associated metabolizer status phenotypes was compared across 5 genetic ancestral groups within the cohort (Admixed American, African, East Asian, European, and South Asian) and to prior global estimates from corresponding populations. RESULTS: Collectively, 11% of the cohort was categorized as intermediate or poor metabolizers of thiopurines, which would warrant a significant dose reduction or selection of alternate therapy. Clinically actionable variation in TPMT was more prevalent in participants of European and Admixed American/Latino ancestry (8.7% and 7.5%, respectively), whereas variation in NUDT15 was more prevalent in participants of East Asian and Admixed American/Latino ancestry (16% and 15% respectively). CONCLUSIONS: These findings demonstrate the considerable interpopulation variability in PGx variation underlying thiopurine metabolism, which should be factored into testing diverse patient populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».