Surveillance des pneumococcies invasives au Canada, 2021–2022
Notice bibliographique
Résumé
Contexte : Les pneumococcies invasives (PI, Streptococcus pneumoniae) sont une maladie à déclaration obligatoire au Canada depuis 2000.L'utilisation de vaccins conjugués a entraîné une modification de la répartition des sérotypes au fil du temps.Ce rapport est un résumé des données démographiques, des sérotypes et de la résistance aux antimicrobiens des isolats de PI collectés au Canada en 2021 et 2022.Méthodes : Le Laboratoire national de microbiologie (LNM) de l'Agence de la santé publique du Canada, situé à Winnipeg (Manitoba), collabore avec les laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux pour assurer la surveillance nationale des maladies infectieuses.En 2021, 1 999 isolats ont été signalés et en 2022, 3 775.Le sérotype a été déterminé par la réaction de Quellung ou le séquençage du génome entier (SGE).La sensibilité aux antimicrobiens a été déterminée par les méthodes SGE, la technique de microdilution en milieu liquide ou les données partagées par les collaborateurs du programme de l'alliance canadienne de résistance aux antimicrobiens à l'Université du Manitoba.Les taux d'incidence des PI au sein de la population ont été obtenus par l'entremise du Système canadien de surveillance des maladies à déclaration obligatoire.Résultats : L'incidence des PI au Canada était de 5,62 cas pour 100 000 habitants en 2021, en baisse par rapport au pic de 10,86 cas pour 100 000 habitants en 2018.Les sérotypes présentant des tendances à la hausse (p < 0,05) entre 2018 et 2022 comprenaient : 4 (6,1 %-12,4 %), 9V (1,0 %-5,1 %) et 12F 4,8 %-5,4 %).La prévalence globale des sérotypes du PCV13 a augmenté au cours de la même période (31,2 %-41,5 %, p < 0,05), tandis que la prévalence des types non vaccinaux a diminué de manière significative (27,3 %-21,5 %, p < 0,0001).Les taux les plus élevés de résistance aux antimicrobiens en 2021 et 2022 ont été observés avec la clarithromycine (21 %, 2021; 24 %, 2022) et l'érythromycine (22 %, 2021; 24 %, 2022).Les PI multirésistantes ont continué d'augmenter entre 2018 et 2022 (6,7 %-12,6 %, p < 0,05).Conclusion : Le nombre de cas de PI a continué à diminuer en 2021 par rapport aux années précédentes, mais 2022 a vu un retour aux niveaux antérieurs à la COVID-19.La prévalence des maladies attribuables aux sérotypes 3, 4, 9V et 19F du PCV13, ainsi qu'aux sérotypes 12F et 20 autres que le PCV13, est en augmentation.Il est essentiel de surveiller les maladies infectieuses pour suivre l'évolution de la distribution des sérotypes et de la résistance aux antimicrobiens.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».