Multiple Pleistocene refugia for Arctic Bell‐Heather revealed with genomic analyses of modern and historic plants
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Aim Arctic plants survived the Pleistocene glaciations in unglaciated refugia. The number, ages, and locations of these refugia are often unclear. We use high‐resolution genomic data from present‐day and Little‐Ice‐Age populations of Arctic Bell‐Heather to re‐evaluate the biogeography of this species and determine whether it had multiple independent refugia or a single refugium in Beringia. Location Circumpolar Arctic and Coastal British Columbia (BC) alpine. Taxon Cassiope tetragona L., subspecies saximontana and tetragona , outgroup C. mertensiana (Ericaceae). Methods We built genotyping‐by‐sequencing (GBS) libraries using Cassiope tetragona tissue from 36 Arctic locations, including two ~250‐ to 500‐year‐old populations collected under glacial ice on Ellesmere Island, Canada. We assembled a de novo GBS reference to call variants. Population structure, genetic diversity and demography were inferred from PCA, ADMIXTURE, fastsimcoal2, SplitsTree, and several population genomics statistics. Results Population structure analyses identified 4–5 clusters that align with geographic locations. Nucleotide diversity was highest in Beringia and decreased eastwards across Canada. Demographic coalescent analyses dated the following splits with Alaska: BC subspecies saximontana (5 mya), Russia (~1.4 mya), Europe (>200–600 kya), and Greenland (~60 kya). Northern Canada populations appear to have formed during the current interglacial (7–9 kya). Admixture analyses show genetic variants from Alaska appear more frequently in present‐day than historic plants on Ellesmere Island. Conclusions Population and demographic analyses support BC, Alaska, Russia, Europe and Greenland as all having had independent Pleistocene refugia. Northern Canadian populations appear to be founded during the current interglacial with genetic contributions from Alaska, Europe and Greenland. We found evidence, on Ellesmere Island, for continued recent gene flow in the last 250–500 years. These results suggest that a re‐analysis of other Arctic species with shallow population structure using higher resolution genomic markers and demographic analyses may help reveal deeper structure and other circumpolar glacial refugia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».