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Enregistrement W4399036084 · doi:10.1101/2024.05.23.595641

Characterization of immunity-inducing rhizobacteria highlights diversity in plant-microbe interactions

2024· preprint· en· W4399036084 sur OpenAlexaff
Mackenzie Eli William Loranger, Winfield Yim, Matthew Toffoli, Marie‐Christine Groleau, Arvin Nickzad, Nadia Morales-Lizcano, Thomas Berleth, Wolfgang Moeder, Éric Déziel, Keiko Yoshioka

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant-Microbe Interactions and Immunity
Établissements canadiensInstitut National de la Recherche ScientifiqueUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésRhizobacteriaPlant ImmunityDiversity (politics)BiologyImmunityComputational biologyEvolutionary biologyImmune systemBacteriaPolitical scienceImmunologyGeneticsRhizosphereArabidopsis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The narrow region of soil surrounding roots (rhizosphere) contains an astonishing diversity of microorganisms. Some rhizosphere bacteria can improve plant health and immunity, via direct competition with pathogens or by establishing heightened immunity in aboveground tissues, a phenomenon known as Induced Systemic Resistance (ISR). We screened a bacterial library from agricultural soils to identify strains that, after root treatment, induce immunity in Solanum lycopersicum (tomato) against the fungal pathogen Botrytis cinerea . Here, we report the establishment of a screening method and characterization of a subset of five strains, belonging to the species Bacillus velezensis, Paenibacillus peoriae and Pseudomonas parafulva , that induced systemic resistance in tomato. However interestingly, only two of them triggered canonical ISR in Arabidopsis, indicating plant host specificity and/or alternative modes of actions. Furthermore, some of the strains displayed direct anti-microbial activity. We also found the requirement of the lipid-binding protein DIR1 in ISR establishment, indicating a possible convergence of SAR and ISR signaling. Finally, we found that P. parafulva TP18m, also displayed strong effects on root development. Taken together, we have identified taxonomically diverse immunity-inducing bacteria. Our characterization revealed diverse features, highlighting the complexity of bacteria- host interaction in the rhizosphere. Highlight We identified taxonomically diverse rhizobacteria that induce systemic resistance in tomato plants to Botrytis after application to the root. These bacteria display diverse modes of action to improve plant health.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,207
Écart entre enseignants0,187 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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