Genome-wide association studies of root system architecture traits in a broad collection of Brassica genotypes
Notice bibliographique
Résumé
The root systems ofBrassicaspecies are complex. Eight root system architecture (RSA) traits, including total root length, total root surface area, root average diameter, number of tips, total primary root length, total lateral root length, total tertiary root length, and basal link length, were phenotyped across 379 accessions representing sixBrassicaspecies (B. napus,B. juncea,B. carinata,B. oleracea,B. nigra, andB. rapa) using a semi-hydroponic system and image analysis software. The results suggest that, among the assessed species,B. napusandB. oleraceahad the most intricate and largest root systems, whileB. nigraexhibited the smallest roots. The two speciesB. junceaandB. carinatashared comparable root system complexity and had root systems with larger root diameters. In addition, 313 of theBrassicaaccessions were genotyped using a 19KBrassicasingle nucleotide polymorphism (SNP) array. After filtering by TASSEL 5.0, 6,213 SNP markers, comprising 5,103 markers on the A-genome (covering 302,504 kb) and 1,110 markers on the C-genome (covering 452,764 kb), were selected for genome-wide association studies (GWAS). Two general linear models were tested to identify the genomic regions and SNPs associated with the RSA traits. GWAS identified 79 significant SNP markers associated with the eight RSA traits investigated. These markers were distributed across the 18 chromosomes ofB. napus, except for chromosome C06. Sixty-five markers were located on the A-genome, and 14 on the C-genome. Furthermore, the major marker-trait associations (MTAs)/quantitative trait loci (QTLs) associated with root traits were located on chromosomes A02, A03, and A06.Brassicaaccessions with distinct RSA traits were identified, which could hold functional, adaptive, evolutionary, environmental, pathological, and breeding significance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».