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Enregistrement W4399121575 · doi:10.34133/plantphenomics.0203

Visualization and Quantitative Evaluation of Functional Structures of Soybean Root Nodules via Synchrotron X-ray Imaging

2024· article· en· W4399121575 sur OpenAlexafffund
Alireza Nakhforoosh, Emil Hallin, Chithra Karunakaran, Małgorzata Korbas, Jarvis Stobbs, Leon V. Kochian

Notice bibliographique

RevuePlant Phenomics · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueLegume Nitrogen Fixing Symbiosis
Établissements canadiensCanadian Light Source (Canada)Global Institute for Water Security
Organismes subventionnairesCanada Excellence Research Chairs, Government of CanadaUniversity of Saskatchewan
Mots-clésSynchrotronVisualizationX-rayRoot (linguistics)Materials scienceComputer sciencePhysicsOpticsArtificial intelligenceLinguisticsPhilosophy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The efficiency of N 2 -fixation in legume-rhizobia symbiosis is a function of root nodule activity.Nodules consist of 2 functionally important tissues: (a) a central infected zone (CIZ), colonized by rhizobia bacteria, which serves as the site of N 2 -fixation, and (b) vascular bundles (VBs), serving as conduits for the transport of water, nutrients, and fixed nitrogen compounds between the nodules and plant.A quantitative evaluation of these tissues is essential to unravel their functional importance in N 2 -fixation.Employing synchrotronbased x-ray microcomputed tomography (SR-μCT) at submicron resolutions, we obtained high-quality tomograms of fresh soybean root nodules in a non-invasive manner.A semi-automated segmentation algorithm was employed to generate 3-dimensional (3D) models of the internal root nodule structure of the CIZ and VBs, and their volumes were quantified based on the reconstructed 3D structures.Furthermore, synchrotron x-ray fluorescence imaging revealed a distinctive localization of Fe within CIZ tissue and Zn within VBs, allowing for their visualization in 2 dimensions.This study represents a pioneer application of the SR-μCT technique for volumetric quantification of CIZ and VB tissues in fresh, intact soybean root nodules.The proposed methods enable the exploitation of root nodule's anatomical features as novel traits in breeding, aiming to enhance N 2 -fixation through improved root nodule activity.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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