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Enregistrement W4399123327 · doi:10.1016/j.ajhg.2024.05.001

MSL2 variants lead to a neurodevelopmental syndrome with lack of coordination, epilepsy, specific dysmorphisms, and a distinct episignature

2024· article· en· W4399123327 sur OpenAlexafffund
Remzi Karayol, Maria Carla Borroto, Sadegheh Haghshenas, A Namasivayam, Jack Reilly, Michael A. Levy, Raissa Relator, Jennifer Kerkhof, Haley McConkey, Maria Shvedunova, Andrea Petersen, Kari Magnussen, Christiane Zweier, Georgia Vasileiou, André Reis, Juliann M. Savatt, Meghan R. Mulligan, Louise S. Bicknell, Gemma Poke, Aya Abu‐El‐Haija, Jessica Duis, Vickie Hannig, Siddharth Srivastava, Elizabeth Barkoudah, Natalie Hauser, Myrthe van den Born, Uri Hamiel, Noa Zunz Henig, Hagit Baris Feldman, Shane McKee, Ingrid P.C. Krapels, Yunping Lei, Албена Тодорова, Ralitsa Yordanova, Slavena Atemin, Mihael Rogač, Vivienne McConnell, Anna Chassevent, Kristin Barañano, Vandana Shashi, Jennifer A. Sullivan, Angela Peron, Maria Iascone, Maria Paola Canevini, Jennifer Friedman, Iris Reyes, Janell Kierstein, Joseph Shen, Faria Ahmed, Xiao Mao, Berta Almoguera, Fiona Blanco‐Kelly, Konrad Platzer, Ariana-Berenike Treu, J. Quilichini, Alexia Bourgois, Nicolas Chatron, Louis Januel, Christelle Rougeot, Deanna Alexis Carere, Kristin G. Monaghan, Justine Rousseau, Kenneth A. Myers, Bekim Sadiković, Asifa Akhtar, Philippe M. Campeau

Notice bibliographique

RevueThe American Journal of Human Genetics · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics and Neurodevelopmental Disorders
Établissements canadiensUniversité de MontréalMcGill University Health CentreLondon Health Sciences CentreWestern UniversityCentre Hospitalier Universitaire Sainte-Justine
Organismes subventionnairesDeutsche ForschungsgemeinschaftNational Institutes of HealthGovernment of CanadaGenome CanadaOntario GenomicsNeurological Foundation of New ZealandNational Institute of Neurological Disorders and StrokeOntario Genomics Institute
Mots-clésEpilepsyNeurodevelopmental disorderGeneticsBiologyMedicineBioinformaticsComputational biologyNeuroscienceGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Epigenetic dysregulation has emerged as an important etiological mechanism of neurodevelopmental disorders (NDDs). Pathogenic variation in epigenetic regulators can impair deposition of histone post-translational modifications leading to aberrant spatiotemporal gene expression during neurodevelopment. The male-specific lethal (MSL) complex is a prominent multi-subunit epigenetic regulator of gene expression and is responsible for histone 4 lysine 16 acetylation (H4K16ac). Using exome sequencing, here we identify a cohort of 25 individuals with heterozygous de novo variants in MSL complex member MSL2. MSL2 variants were associated with NDD phenotypes including global developmental delay, intellectual disability, hypotonia, and motor issues such as coordination problems, feeding difficulties, and gait disturbance. Dysmorphisms and behavioral and/or psychiatric conditions, including autism spectrum disorder, and to a lesser extent, seizures, connective tissue disease signs, sleep disturbance, vision problems, and other organ anomalies, were observed in affected individuals. As a molecular biomarker, a sensitive and specific DNA methylation episignature has been established. Induced pluripotent stem cells (iPSCs) derived from three members of our cohort exhibited reduced MSL2 levels. Remarkably, while NDD-associated variants in two other members of the MSL complex (MOF and MSL3) result in reduced H4K16ac, global H4K16ac levels are unchanged in iPSCs with MSL2 variants. Regardless, MSL2 variants altered the expression of MSL2 targets in iPSCs and upon their differentiation to early germ layers. Our study defines an MSL2-related disorder as an NDD with distinguishable clinical features, a specific blood DNA episignature, and a distinct, MSL2-specific molecular etiology compared to other MSL complex-related disorders.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,024

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0070,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,241 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentnon

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