Counter‐gradient variation in gene expression between fish populations facilitates colonization of low‐dissolved oxygen environments
Notice bibliographique
Résumé
The role of phenotypic plasticity during colonization remains unclear due to the shifting importance of plasticity across timescales. In the early stages of colonization, plasticity can facilitate persistence in a novel environment; but over evolutionary time, processes such as genetic assimilation may reduce variation in plastic traits such that species with a longer evolutionary history in an environment can show lower levels of plasticity than recent invaders. Therefore, comparing species in the early stages of colonization to long-established species provides a powerful approach for uncovering the role of phenotypic plasticity during different stages of colonization. We compared gene expression between low-dissolved oxygen (DO) and high-DO populations of two cyprinid fish: Enteromius apleurogramma, a species that has undergone a recent range expansion, and E. neumayeri, a long-established native species in the same region. We sampled tissue either immediately after capture from the field or after a 2-week acclimation under high-DO conditions, allowing us to test for both evolved and plastic differences in low-DO vs high-DO populations of each species. We found that most genes showing candidate-evolved differences in gene expression did not overlap with those showing plastic differences in gene expression. However, in the genes that did overlap, there was counter-gradient variation such that plastic and evolved gene expression responses were in opposite directions in both species. Additionally, E. apleurogramma had higher levels of plasticity and evolved divergence in gene expression between field populations. We suggest that the higher level of plasticity and counter-gradient variation may have allowed rapid genetic adaptation in E. apleurogramma and facilitated colonization. This study shows how counter-gradient variation may impact the colonization of divergent oxygen environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».