No detectable differences in Nef-mediated downregulation of HLA-I and CD4 molecules among HIV-1 group M lineages circulating in Cameroon, where the pandemic originated
Notice bibliographique
Résumé
HIV-1 group M (HIV-1M) lineages downregulate HLA-I and CD4 expression via their Nef proteins. We hypothesized that these Nef functions may be partially responsible for the differences in prevalence of viruses from different lineages that co-circulate within an epidemic. Here, we characterized these two Nef activities in HIV-1M isolates from Cameroon, where multiple variants have been circulating since the pandemic's origin. Single HIV-1 Nef clones from 234 HIV-1-ART naïve individuals living in remote villages and two cosmopolitan cities of Cameroon, sampled between 2000 and 2013, were isolated from plasma HIV RNA and analyzed for their capacity to downregulate HLA-I and CD4 molecules. We found that, despite a large degree of within- and inter- lineage variation, the ability of Nef to downregulate HLA-I was similar across these different viruses. Moreover, Nef-mediated CD4 downregulation activity was also well conserved across the different lineages found in Cameroon. In addition, we observed a trend towards higher HLA-I downregulation activity of viruses circulating in the cosmopolitan cities versus the remote villages, whereas the CD4 downregulation activities were similar across the two settings. Furthermore, we noted a significant decline of HLA-I downregulation activity from 2000 to 2013, providing additional evidence supporting the attenuation of the global HIV-1M population over time. Finally, we identified 18 amino acids associated with differential HLA-I downregulation and 13 amino acids associated with differential CD4 downregulation within the dominant CRF02_AG lineage. Our lack of observation of HIV lineage-related differences in Nef-mediated HLA-I and CD4 downregulation function suggests that these activities do not substantively influence the prevalence of different HIV-1M lineages in Cameroon.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».