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Enregistrement W4399275667 · doi:10.1101/2024.05.29.24307986

Are rare heterozygous <i>SYNJ1</i> variants associated with Parkinson’s disease?

2024· preprint· en· W4399275667 sur OpenAlexafffund
Konstantin Senkevich, Sitki Cem Parlar, Cloe Chantereault, Eric Yu, Jamil Ahmad, Jennifer A. Ruskey, Farnaz Asayesh, Dan Spiegelman, Cheryl Waters, Oury Monchi, Yves Dauvilliers, Nicolas Dupré, Irina Miliukhina, Alla Timofeeva, Anton Emelyanov, Sofya Pchelina, Lior Greenbaum, Sharon Hassin‐Baer, Roy N. Alcalay, Ziv Gan‐Or

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNeurological disorders and treatments
Établissements canadiensUniversité de MontréalInstitut Universitaire de Gériatrie de MontréalMcGill UniversityUniversité LavalMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesFonds de Recherche du Québec - SantéNational Institute of Neurological Disorders and StrokeVerily Life SciencesConsortium canadien en neurodégénérescence associée au vieillissementCompute CanadaMcGill UniversityCelgeneSanofiGlaxoSmithKlineParkinson's FoundationPfizerBristol-Myers SquibbBrookdale FoundationMichael J. Fox Foundation for Parkinson's ResearchNational Institutes of HealthCanada First Research Excellence FundU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésParkinson's diseaseGeneticsDiseaseMedicineBiologyInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Previous studies have suggested that rare biallelic SYNJ1 mutations may cause autosomal recessive parkinsonism and Parkinson’s disease (PD). Our study explored the impact of rare SYNJ1 variants in non-familial settings, including 8,165 PD cases, 818 early-onset PD (EOPD, <50 years) and 70,363 controls. Burden meta-analysis using optimized sequence Kernel association test (SKAT-O) revealed an association between rare nonsynonymous variants in the Sac1 SYNJ1 domain and PD (P fdr =0.040). Additionally, a meta-analysis focusing on patients with EOPD demonstrated an association between all rare SYNJ1 variants and PD (P fdr =0.029). Rare SYNJ1 variants may be associated with sporadic PD, and more specifically with EOPD.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,008
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,018

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,008
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,003
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,260
Écart entre enseignants0,232 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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