Avian influenza viruses in New Zealand wild birds, with an emphasis on subtypes H5 and H7: Their distinctive epidemiology and genomic properties
Notice bibliographique
Résumé
The rapid spread of highly pathogenic avian influenza (HPAI) A (H5N1) viruses in Southeast Asia in 2004 prompted the New Zealand Ministry for Primary Industries to expand its avian influenza surveillance in wild birds. A total of 18,693 birds were sampled between 2004 and 2020, including migratory shorebirds (in 2004-2009), other coastal species (in 2009-2010), and resident waterfowl (in 2004-2020). No avian influenza viruses (AIVs) were isolated from cloacal or oropharyngeal samples from migratory shorebirds or resident coastal species. Two samples from red knots (Calidris canutus) tested positive by influenza A RT-qPCR, but virus could not be isolated and no further characterization could be undertaken. In contrast, 6179 samples from 15,740 mallards (Anas platyrhynchos) tested positive by influenza A RT-qPCR. Of these, 344 were positive for H5 and 51 for H7. All H5 and H7 viruses detected were of low pathogenicity confirmed by a lack of multiple basic amino acids at the hemagglutinin (HA) cleavage site. Twenty H5 viruses (six different neuraminidase [NA] subtypes) and 10 H7 viruses (two different NA subtypes) were propagated and characterized genetically. From H5- or H7-negative samples that tested positive by influenza A RT-qPCR, 326 AIVs were isolated, representing 41 HA/NA combinations. The most frequently isolated subtypes were H4N6, H3N8, H3N2, and H10N3. Multivariable logistic regression analysis of the relations between the location and year of sampling, and presence of AIV in individual waterfowl showed that the AIV risk at a given location varied from year to year. The H5 and H7 isolates both formed monophyletic HA groups. The H5 viruses were most closely related to North American lineages, whereas the H7 viruses formed a sister cluster relationship with wild bird viruses of the Eurasian and Australian lineages. Bayesian analysis indicates that the H5 and H7 viruses have circulated in resident mallards in New Zealand for some time. Correspondingly, we found limited evidence of influenza viruses in the major migratory bird populations visiting New Zealand. Findings suggest a low probability of introduction of HPAI viruses via long-distance bird migration and a unique epidemiology of AIV in New Zealand.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».