Deconvoluting synovial fluid molecular endotypes in knee osteoarthritis: primary results from the STEpUP OA Consortium
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Background Osteoarthritis (OA) has a lifetime risk of over 40%, imposing a huge societal burden. Clinical variability suggests that it could be more than one disease. S ynovial fluid T o detect E ndoty p es by U nbiased P roteomics in OA (STEpUP OA) was established to test the hypothesis that there are detectable distinct molecular endotypes in knee OA. Methods OA knee synovial fluid (SF) samples (N=1361) were from pre-existing OA cohorts with cross-sectional clinical (radiographic and pain) data. Samples were divided into Discovery (N = 708) and Replication (N=653) datasets. Proteomic analysis was performed using SomaScan V4.1 assay (6596 proteins). Unsupervised clustering was performed using k-means, assessed using the f(k) metric, with and without adjustments for potential confounders. Regression analyses were used to assess protein associations with radiographic (Kellgren and Lawrence) and knee pain (WOMAC pain), with and without stratification by body mass index (BMI) or biological sex. Adjustments were made for cohort (random intercept) or intracellular protein, using an intracellular protein score (IPS). Analyses were carried out in R according to a pre-published plan. Results No distinct SF molecular endotypes were identified in OA but two indistinct clusters were defined in non-IPS regressed data which were stable across subgroup analyses. Clustering was lost after IPS regression adjustment. Strong, replicable protein associations were observed with radiographic disease severity, which were retained after adjustment for cohort or IPS. Pathway analysis identified a strong “epithelial to mesenchymal transition (EMT)” pathway, and weaker associations with “angiogenesis”, “complement” and “coagulation”. The latter were variably lost after adjustment for BMI or biological sex. Associations with patient reported pain were weaker. Conclusion These data support knee OA as a biologically continuous disease in which disease severity is associated with a strong, robust, tissue remodelling signature. Subtle differences were found in pathways after stratification by BMI or sex.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,010 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».