Eight quick tips for including chromosome X in genome-wide association studies
Notice bibliographique
Résumé
All individuals carry a minimum of 1 copy of chromosome X.Despite being a relatively long chromosome with more than 150 million base pairs [1], similar in length to chromosome 8, association testing of genetic variants on chromosome X is still not routinely conducted.Genome-wide association studies (GWAS) have been used to identify a vast range of genomic loci of interest for a variety of complex human diseases and traits by quantifying genetic variants that are statistically associated with a given disease/trait [2,3].However, a lack of testing for variants on the X chromosome limits our ability to identify vital loci and subsequently understand potential mechanisms linked to this chromosome.There was a call for the inclusion of chromosome X into genome-wide association analyses presented in 2013.At that time, a scan of published GWAS from 2010 and 2011 showed that only 33% of the studies had tested variants on the X chromosome in their analyses [4].Despite this call for inclusion, the lack of representation of this chromosome has not improved according to a 2023 study.Of the 136 publications that submitted at least 1 summary statistics file to the NHGRI-EBI GWAS Catalog in 2021, only 25% reported chromosome X results [5].Indeed, there are several characteristics of this chromosome that make it unique compared to the autosomes, which can pose analytical challenges in association testing.Such challenges include how to account for X inactivation in individuals with an XX karyotype, how to model the hemizygous state of genotypes in individuals with an XY karyotype, or how to best code genotypes at the 2 pseudo-autosomal regions, short stretches at either end of the X with high homology with the Y chromosome, known as PAR1 and PAR2.The non-pseudo-autosomal region (nonPAR) denotes the middle sequence of the X chromosome.Furthermore, there are many well-used software that take GWAS summary statistics as input and ignore chromosome X information [6,7].This practice can make it difficult and unintuitive for researchers to run association testing on the X chromosome.Inclusion of chromosome X routinely in GWAS and downstream analyses will serve to enhance our understanding of the genetic contributors to complex diseases and traits.Here, we propose 8 tips to help move towards the inclusion of X in GWAS to provide a suggested set of concrete actions that can be taken to overcome the challenges or obstacles preventing routine analysis of this chromosome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,029 | 0,155 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,005 | 0,009 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,007 | 0,011 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,092 | 0,049 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».